物种是生物学研究和生物多样性保护与管理的基本单元。近年来,整合物种概念逐渐广受青睐,其强调近缘物种之间划分时应该满足多方面的证据。小果垂枝柏(Juniperus coxii)原为垂枝柏(J. recurva)的变种,后被提升为独立物种,但目前尚缺乏群体水平的证据支持。本文覆盖横断山-喜马拉雅东部区域采集垂枝柏复合体26个居群197个个体样品,一方面基于叶绿体DNA数据划分谱系,另一方面开展代表性居群形态学统计分析和生态位分化分析,并整合本文的样本采集地点和已发布采集地点的环境气候因子开展生态位模拟,旨在更准确地厘清两个分类群的界限。叶绿体单倍型网络分析将垂枝柏复合体分成东部和西部两个谱系,地理分布上大致以错那县为界;两个谱系在形态上存在一定程度的差异,但重叠度较高;东、西部谱系生态位存在显著分化。以上证据支持将错那县以西的居群划分为垂枝柏,而将错那县以东的居群应划分为小果垂枝柏。本文初步厘清了垂枝柏和小果垂枝柏之间的物种界限,为横断山-喜马拉雅区域的物种界定研究提供新案例,对于该地区垂枝柏复合体的生物多样性保护与管理具有重要意义。