基于微卫星标记的5个尼罗罗非鱼品系的遗传多样性分析

doi:10.3724/SP.J.1003.2009.08266

生物多样性 ›› 2009, Vol. 17 ›› Issue (1): 82-87. DOI: 10.3724/SP.J.1003.2009.08266

基于微卫星标记的5个尼罗罗非鱼品系的遗传多样性分析

梁宏伟¹^,², 李忠¹^,², 罗相忠¹^,², 王长忠¹^,³, 呼光富¹^,³, 邹桂伟¹^,²(), 杨永铨⁴

1 中国水产科学研究院长江水产研究所农业部淡水生物多样性保护与利用重点开放实验室, 荆州 434000
2 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心, 无锡 214081
3 华中农业大学水产学院, 武汉 430070
4 厦门鹭业水产有限公司, 厦门 361000

收稿日期:2008-10-20 接受日期:2009-01-12 出版日期:2009-01-20 发布日期:2009-01-20
通讯作者: 邹桂伟
作者简介:* E-mail: zougw@yfi.ac.cn
基金资助:
国家科技基础条件平台专项(2006DKA30470-002)

Genetic diversity based on microsatellite markers in five Nile tilapia strains

Hongwei Liang¹^,², Zhong Li¹^,², Xiangzhong Luo¹^,², Changzhong Wang¹^,³, Guangfu Hu¹^,³, Guiwei Zou¹^,²(), Yongquan Yang⁴

1 Key Laboratory of Freshwater Biodiversity Conservation and Utilization, Ministry of Agriculture, Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Jingzhou 434000
2 Freshwater Fisheries Research Center, Chinese Academy of Fishery Sciences, Wuxi 214081
3 College of Fisheries, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070
4 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd., Xiamen 361000

Received:2008-10-20 Accepted:2009-01-12 Online:2009-01-20 Published:2009-01-20
Contact: Guiwei Zou

摘要/Abstract

摘要：

为了对生产上应用的5个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系的遗传背景进行本底调查,以期为育种工作提供基础数据, 本文用19对微卫星引物对5个尼罗罗非鱼品系(苏丹品系、台湾品系、吉富品系、超雄品系Ⅰ和超雄品系Ⅱ)进行了遗传多样性分析,计算并统计了等位基因数、多态信息含量(PIC)、杂合度、遗传相似性系数、遗传距离等参数。结果表明19个微卫星位点在5个罗非鱼品系中共检测到113个等位基因,平均期望杂合度在0.578-0.692之间,平均多态信息含量在0.473-0.628之间。5个尼罗罗非鱼品系有较丰富的遗传多样性,而超雄品系Ⅰ的遗传多样性相对较为贫乏。

关键词: Oreochromis niloticus, 遗传育种, 遗传变异, 超雄品系

Abstract

To provide background on the genetics of cultured Nile tilapia (Oreochromis niloticus) strains and basic information for breeding, we surveyed five Nile tilapia strains (Sudan, Taiwan, GIFT, SupermaleⅠand Supermale Ⅱ) using 19 microsatellite loci to estimate the genetic variation. A total of 113 alleles were detected. Mean expected heterozygosity (H_e) ranged between 0.578 and 0.692, and mean polymorphism information content (PIC) ranged between 0.473 and 0.628, indicating that these five Nile tilapia strains were genetically diverse. Of the five strains, the supermaleⅠhad less genetic variation compared with other strains.

Key words: Oreochromis niloticus, genetic breeding, genetic variation, supermale strains

梁宏伟, 李忠, 罗相忠, 王长忠, 呼光富, 邹桂伟, 杨永铨 (2009) 基于微卫星标记的5个尼罗罗非鱼品系的遗传多样性分析. 生物多样性, 17, 82-87. DOI: 10.3724/SP.J.1003.2009.08266.

Hongwei Liang, Zhong Li, Xiangzhong Luo, Changzhong Wang, Guangfu Hu, Guiwei Zou, Yongquan Yang (2009) Genetic diversity based on microsatellite markers in five Nile tilapia strains. Biodiversity Science, 17, 82-87. DOI: 10.3724/SP.J.1003.2009.08266.

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图/表 5

参考文献 12

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品系 Strains	样本量 Sample size	样本来源 Origin
苏丹品系 Sudan (SLF)	48	中国水产科学研究院长江水产研究所 Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences
台湾品系 Taiwan (TLF)	30	厦门鹭业水产有限公司 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd.
超雄品系ⅠSupermale Ⅰ (YYⅠ)	30	厦门鹭业水产有限公司 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd.
超雄品系Ⅱ Supermale Ⅱ (YYⅡ)	30	厦门鹭业水产有限公司 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd.
吉富品系 GIFT	48	上海海洋大学 Shanghai Ocean University

品系 Strains	样本量 Sample size	样本来源 Origin
苏丹品系 Sudan (SLF)	48	中国水产科学研究院长江水产研究所 Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences
台湾品系 Taiwan (TLF)	30	厦门鹭业水产有限公司 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd.
超雄品系ⅠSupermale Ⅰ (YYⅠ)	30	厦门鹭业水产有限公司 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd.
超雄品系Ⅱ Supermale Ⅱ (YYⅡ)	30	厦门鹭业水产有限公司 Xiamen Luye Fisheries Co., Ltd.
吉富品系 GIFT	48	上海海洋大学 Shanghai Ocean University

座位 Locus	引物序列(5'→3′) Primer sequence (5'→3′)	退火温度 Annealing temperature (℃)	片段大小 Allele size (bp)	等位基因数 Number of alleles	登录号 GenBank accession no.
UNH719	F: AAACCATTCATCCTTCACTCG R: GAATGCTTAGTGCCCATCAAT	50	124, 126	8	G63968
UNH735	F: GTGCACACAGCAGAGGCTAA R: CTTTGCTGCTGTCGGAGTTT	60	168, 178, 182	7	G63984
UNH738	F: TGCTGTGCAAATAAAGTGCTG R: TCTTTGCCAGGTTGTCCATT	52	157, 171	11	G63987
UNH773	F: TGGCGGTAAAATGAAAATGG R: CGATCCCAGACTTTGACACA	50	207, 211, 253	6	G64061
UNH817	F: CCTCTTTCTGTGGGTTTCTCC R: CCCAGCCTGCAGTGATACTT	52	99, 119	8	G64035
UNH840	F: TTTCCTGTTCACCCAGTTTT R: GGGCTGAGCAGTCTGGTATT	50	131, 138, 140	3	G68180
UNH841	F: GCGACGCCTACTTCTGAGAG R: TTGTTATTGTCCCTGCTGTCC	58	114, 156	10	G68181
UNH843	F: CGTTCTACTCTGAAGAAAGACATGA R: CCACTCGACGGACGTTTTAG	55	109, 120, 124	6	G68182
UNH844	F: GCCACAATGTCAAGGTTTCA R: GCAGCTGCTCACACACTCTT	58	98, 104, 116	8	G68183
UNH845	F: GCCGACTCCAACTTGCTACT R: ATCCCCTACACGGACAAGTG	55	178, 181	8	G68184
UNH846	F: TGGAGCAGCTTCTTCTACATCA R: CACATGATGGAAGCCGTGTA	55	173, 203	6	G68185
UNH848	F: TCCCCCGTAATAAATTAAACCA R: GCCTGTGAATAACAATGTATTTCCT	55	180, 192, 205	4	G68186
UNH849	F: CCCAGGTGCATATTTCCCTA R: CTTGCTCTGCTTTGCTGAAA	55	155, 191	7	G68187
UNH851	F: TGGCTGTCACATAATCTGGTG R: CCTATCGTCGGTGATTGGTC	55	111, 117, 122	2	G68188
UNH853	F: TAAAGCTCGTCCCCGTAACA R: TGCGTCTCATCACTGTCTGC	55	172, 174, 186	7	G68189
UNH854	F: GGCAAAGAAAGCGATACTGC R: TTCTTAGCTTGTGGTGCACTG	55	225, 229	8	G68190
UNH855	F: ACTCCCGCTGTTGCTGTTAG R: GAGGGGAGCCTACAACGTAA	55	152, 162	3	G68191
UNH856	F: GCAGCCTCACAACATCTCAG R: GATGCATCATCACGGTAACCT	55	189, 197	4	G68192
UNH858	F: TTCAAACAGCTTCACGGTCA R: CTATGCCATGGCTAAAGTCAC	60	257, 280	8	G68194

座位 Locus	引物序列(5'→3′) Primer sequence (5'→3′)	退火温度 Annealing temperature (℃)	片段大小 Allele size (bp)	等位基因数 Number of alleles	登录号 GenBank accession no.
UNH719	F: AAACCATTCATCCTTCACTCG R: GAATGCTTAGTGCCCATCAAT	50	124, 126	8	G63968
UNH735	F: GTGCACACAGCAGAGGCTAA R: CTTTGCTGCTGTCGGAGTTT	60	168, 178, 182	7	G63984
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UNH773	F: TGGCGGTAAAATGAAAATGG R: CGATCCCAGACTTTGACACA	50	207, 211, 253	6	G64061
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UNH853	F: TAAAGCTCGTCCCCGTAACA R: TGCGTCTCATCACTGTCTGC	55	172, 174, 186	7	G68189
UNH854	F: GGCAAAGAAAGCGATACTGC R: TTCTTAGCTTGTGGTGCACTG	55	225, 229	8	G68190
UNH855	F: ACTCCCGCTGTTGCTGTTAG R: GAGGGGAGCCTACAACGTAA	55	152, 162	3	G68191
UNH856	F: GCAGCCTCACAACATCTCAG R: GATGCATCATCACGGTAACCT	55	189, 197	4	G68192
UNH858	F: TTCAAACAGCTTCACGGTCA R: CTATGCCATGGCTAAAGTCAC	60	257, 280	8	G68194

	吉富品系 GIFT	苏丹品系 Sudan	台湾品系 Taiwan	超雄品系ⅠSupermale Ⅰ	超雄品系Ⅱ Supermale Ⅱ
吉富品系 GIFT	***	0.8336	0.7645	0.7747	0.7429
苏丹品系 Sudan	0.1820	***	0.7565	0.7577	0.7487
台湾品系 Taiwan	0.2685	0.2790	***	0.7829	0.8355
超雄品系Ⅰ Supermale Ⅰ	0.2553	0.2775	0.2448	***	0.8974
超雄品系Ⅱ Supermale Ⅱ	0.2972	0.2895	0.1797	0.1082	***

基于微卫星标记的5个尼罗罗非鱼品系的遗传多样性分析

Genetic diversity based on microsatellite markers in five Nile tilapia strains

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