生物多样性 ›› 2013, Vol. 21 ›› Issue (6): 765-768. DOI: 10.3724/SP.J.1003.2013.04133 cstr: 32101.14.SP.J.1003.2013.04133
收稿日期:
2013-05-31
接受日期:
2013-08-22
出版日期:
2013-11-20
发布日期:
2013-12-02
通讯作者:
赖江山
基金资助:
Received:
2013-05-31
Accepted:
2013-08-22
Online:
2013-11-20
Published:
2013-12-02
Contact:
Lai Jiangshan
摘要:
基于样方单元的生物群落调查多元数据是生物多样性研究中最基本的数据类型之一。排序(ordination)作为多元统计最常用的方法之一, 目的是在可视化的低维空间展示多维数据的结构。Canoco是数据排序分析最流行的软件之一。Canoco 4.5自从2002年发布以来, 凭借简单的操作界面和功能齐全的绘图工具, 得到广泛的应用。但随着计算机技术的不断发展和新的排序方法不断出现, Canoco 4.5已经无法满足生态学研究人员对于多元数据深入分析的需求。作为Canoco 4.5的升级版本, Canoco 5于2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进,主要体现在简化数据输入、提供更完善的帮助系统和绘图工具、简化方差分解和显著性检验的步骤, 并增加了一些新的分析方法(例如PCNM、NMDS、功能性状关联分析等)。本文概述了Canoco 5所做的这些改进, 并对有些重要操作步骤进行提示, 供同行参考。
赖江山 (2013) 生态学多元数据排序分析软件Canoco 5介绍. 生物多样性, 21, 765-768. DOI: 10.3724/SP.J.1003.2013.04133.
Jiangshan Lai (2013) Canoco 5: a new version of an ecological multivariate data ordination program. Biodiversity Science, 21, 765-768. DOI: 10.3724/SP.J.1003.2013.04133.
附图I Canoco 5的工作界面。左侧是当前所分析数据的基本信息和分析类型列表, 右侧是数据内容、分析结果和排序图。(Canoco 5默认显示简约的排序结果, 如果需要显示完整的排序分析结果, 在菜单栏Edit-Settings-Canoco5 options内将general-show brief version of notebooks选项的勾去掉)。
1 | Borcard D, Legendre P (2002) All-scale spatial analysis of ecological data by means of principal coordinates of neighbour matrices.Ecological Modelling, 153, 51-68. |
2 | Legendre P, Borcard D, Peres-Neto PR (2005) Analyzing beta diversity: partitioning the spatial variation of community composition data.Ecological Monographs, 75, 435-450. |
3 | Legendre P, Borcard D, Peres-Neto PR (2008) Analyzing or explaining beta diversity? Comment.Ecology, 89, 3238-3244. |
4 | Lepx J, Smilauer P (2003) Multivariate Analysis of Ecological Data Using CANOCO. Cambridge University Press, Cambridge. |
5 | Petchey OL, Gaston KJ (2006) Functional diversity: back to basics and looking forward.Ecology Letters, 9, 741-758. |
6 | ter Braak CJF, Smilauer P (2002) CANOCO Reference Manual and CanoDraw for Windows User's Guide: Software for Canonical Community Ordination. Version 4.5. Microcomputer Power, Ithaca, New York. |
7 | ter Braak CJF, Smilauer P (2012) CANOCO Reference Manual and User's Guide: Software for Ordination. Version 5. Microcomputer Power Ithaca, New York. |
8 | von Wehrden H, Hanspach J, Bruelheide H, Wesche K (2009) Pluralism and diversity: trends in the use and application of ordination methods 1990-2007.Journal of Vegetation Science, 20, 695-705. |
9 | Zhang JT (张金屯) (2004) Quantitative Ecology (数量生态学). Science Press, Beijing. (in Chinese) |
[1] | 施国杉, 刘峰, 曹光宏, 陈典, 夏尚文, 邓云, 王彬, 杨效东, 林露湘. 西双版纳热带季节雨林木本植物的beta多样性: 空间、环境与林分结构的作用[J]. 生物多样性, 2024, 32(12): 24285-. |
[2] | 龙诗怡, 张博博, 夏宇辰, 费杨帆, 孟亚妮, 吕冰薇, 宋月青, 郑普, 郭陶然, 张健, 黎绍鹏. 本地群落多样性和时间稳定性对加拿大一枝黄花生物量的影响[J]. 生物多样性, 2024, 32(11): 24263-. |
[3] | 肖媛媛, 冯薇, 乔艳桂, 张宇清, 秦树高. 固沙灌木林地土壤微生物群落特征对土壤多功能性的影响[J]. 生物多样性, 2023, 31(4): 22585-. |
[4] | 王彦平, 张敏楚, 詹成修. 嵌套分布格局研究进展: 分析方法、影响机制及保护应用[J]. 生物多样性, 2023, 31(12): 23314-. |
[5] | 陈胜仙, 张喜亭, 佘丹琦, 张衷华, 周志强, 王慧梅, 王文杰. 森林植物多样性、树种重要值与土壤理化性质对球囊霉素相关土壤蛋白的影响[J]. 生物多样性, 2022, 30(2): 21115-. |
[6] | 李亦超, 陈永生, Denis Sandanov, 罗奥, 吕童, 苏香燕, 刘云鹏, 王庆刚, Viktor Chepinoga, Sergey Dudov, 王伟, 王志恒. 欧亚大陆东部毛茛科植物多样性格局及主导因子[J]. 生物多样性, 2021, 29(5): 561-574. |
[7] | 姚志良,温韩东,邓云,曹敏,林露湘. 哀牢山亚热带中山湿性常绿阔叶林树种beta多样性格局形成的驱动力[J]. 生物多样性, 2020, 28(4): 445-454. |
[8] | 胡颖, 王茜, 张新新, 周玮, 陈晓阳, 胡新生. 叶绿体DNA标记在谱系地理学中的应用研究进展[J]. 生物多样性, 2019, 27(2): 219-234. |
[9] | 唐志尧, 蒋旻炜, 张健, 张新悦. 航空航天遥感在物种多样性研究与保护中的应用[J]. 生物多样性, 2018, 26(8): 807-818. |
[10] | 斯幸峰, 赵郁豪, 陈传武, 任鹏, 曾頔, 吴玲兵, 丁平. Beta多样性分解: 方法、应用与展望[J]. 生物多样性, 2017, 25(5): 464-480. |
[11] | 刘晓静, 任思远, 李鹿鑫, 叶永忠, 袁志良, 王婷. 宝天曼国家级自然保护区落叶阔叶林密度制约效应对树木存活的影响[J]. 生物多样性, 2016, 24(6): 639-648. |
[12] | 刘晔, 许玥, 石松林, 彭培好, 沈泽昊. 金沙江干旱河谷植物群落的数量分类及其结构分异的环境解释[J]. 生物多样性, 2016, 24(4): 407-420. |
[13] | 李新辉, 刘延虹, 刘晔, 许玥, 杨阳, 沈泽昊. 地理距离及环境差异对云南元江干热河谷植物群落beta多样性的影响[J]. 生物多样性, 2016, 24(4): 399-406. |
[14] | 丁振杰, 于丹, 徐新伟. 青藏高原东北部及其邻近地区无苞香蒲的谱系地理学[J]. 生物多样性, 2015, 23(6): 759-766. |
[15] | 马克平. 生物多样性保护主流化的新机遇[J]. 生物多样性, 2015, 23(5): 557-558. |
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