生物多样性 ›› 2015, Vol. 23 ›› Issue (1): 50-60.doi: 10.17520/biods.2014089

• 研究报告:动物多样性 • 上一篇    下一篇

基于线粒体COI和16S片段序列的北部湾北部水螅水母DNA条形码分析

张珰妮3, 郑连明1, 2, 3*, 何劲儒3, 张文静1, 3, 林元烧1, 3, 李阳3   

  1. 1厦门大学海洋生物多样性与全球变化研究中心, 福建厦门 361102
    2福建省海陆界面生态环境重点实验室, 福建厦门 361102
    3厦门大学海洋与地球学院, 福建厦门 361102
  • 收稿日期:2014-05-09 修回日期:2014-11-13 出版日期:2015-01-20
  • 通讯作者: 郑连明 E-mail:zhangwenjing@xmu.edu.cn
  • 基金项目:

    国家自然科学基金青年科学基金;海洋公益性行业专项;厦门大学海洋科学基地科研训练及科研能力提高项目

DNA barcoding of hydromedusae in northern Beibu Gulf for species identification

Dangni Zhang3, Lianming Zheng1, 2, 3*, Jinru He3, Wenjing Zhang1, 3, Yuanshao Lin1, 3, Yang Li3   

  1. 1Marine Biodiversity and Global Change Research Center, Xiamen University, Xiamen, Fujian 361102

    2Fujian Provincial Key Laboratory for Coastal Ecology and Environmental Studies (CEES), Xiamen University, Xiamen, Fujian 361102

    3College of Ocean and Earth Sciences, Xiamen University, Xiamen, Fujian 361102
  • Received:2014-05-09 Revised:2014-11-13 Online:2015-01-20
  • Contact: Lianming Zheng E-mail:zhangwenjing@xmu.edu.cn
  • Supported by:

    National Natural Science Foundation of China;Ocean Public Welfare Scientific Research Project;Marine Science Base Project for Scientific Research Training and Capacity Enhancement—Xiamen University

水螅水母类是浮游动物群落的重要组成部分, 在近岸海洋生态系统物质循环和能量流动中扮演着重要角色。水螅水母类形态结构简单, 但其物种的准确鉴定一直是分类工作中的难点。DNA条形码极大地促进了水螅水母物种的快速、准确鉴定。本研究扩增了北部湾北部28种水螅水母的线粒体COI和16S序列, 分别为92条和116条; 比较了2个基因片段的种内、种间K2P (Kimura 2-parameter)遗传距离; 构建了基于这2个基因片段的系统发育邻接树(neighbor-joining phylogenetic tree); 并结合矢量分析构建了Klee-diagram图。结果显示: COI序列的种内遗传距离为0.008±0.005(0–0.033), 种间遗传距离为0.298±0.128 (0.092–0.597); 16S 序列的种内遗传距离为0.006±0.010(0–0.047), 种间遗传距离为0.394±0.195(0.068–0.898)。2个基因序列在所调查种类中, 种内遗传差异均小于种间遗传差异, 存在明显的条形码间隔(barcoding gap)。基于2个基因片段的NJ树均显示, 单种所有个体都位于同一独立分枝。研究结果表明, 以COI和16S作为DNA条形码均能对北部湾北部常见水螅水母类进行物种鉴定。

关键词: DNA条形码, 分子标记, 矢量分析, 物种鉴定, 水螅水母

Being a major component of coastal zooplankton assemblages, hydromedusae play a key role in material recycling and energy flow of marine ecosystems. Species identification is challenging for this group due to their phonetic simplicity. DNA barcoding provides an efficient method for species identification. In the present study, 92 COI and 116 16S sequences from 28 hydromedusae species were amplified. A neighborjoining phylogenetic tree was constructed based on Kimura 2-parameter genetic distance and further studied using Klee-diagram vector analysis. Intra-specific K2P genetic distance averaged 0.008±0.005 (0–0.033) for COI, and 0.006±0.010 (0–0.047) for 16S; inter-specific K2P genetic distance averaged 0.298±0.128 (0.092–0.597), and 0.394±0.195 (0.068–0.898) for COI and 16S, respectively. An obvious “barcoding gap” was detected for all species in both markers and all individuals of a species clustered together in both the COI and 16S trees. Further confirmatory evidence was also provided through indicator vector analysis. Hence, both COI and 16S appear to be accurate and efficient markers for hydromedusae identification in northern Beibu Gulf.

Key words: DNA barcoding, molecular marker, vector analysis, species identification, hydromedusae

中图分类号: 

  • P714+.5
[1] 肖文宏 周青松 朱朝东 吴东辉 肖治术. (2020) 野生动物监测技术和方法应用进展与展望. 植物生态学报, 44(生态技术与方法专辑): 0-0.
[2] 李媛媛,刘超男,王嵘,罗水兴,农寿千,王静雯,陈小勇. (2020) 分子标记在濒危物种保护中的应用. 生物多样性, 28(3): 367-375.
[3] 刘山林. (2019) DNA条形码参考数据集构建和序列分析相关的新兴技术. 生物多样性, 27(5): 526-533.
[4] 邵昕宁, 宋大昭, 黄巧雯, 李晟, 姚蒙. (2019) 基于粪便DNA及宏条形码技术的食肉动物快速调查及食性分析. 生物多样性, 27(5): 543-556.
[5] 张亚红, 贾会霞, 王志彬, 孙佩, 曹德美, 胡建军. (2019) 滇杨种群遗传多样性与遗传结构. 生物多样性, 27(4): 355-365.
[6] 胡建霖,刘志芳,慈秀芹,李捷. (2019) DNA条形码在热带龙脑香科树种鉴定中的应用. 植物学报, 54(3): 350-359.
[7] 赵颖, 马荣, 尹永香, 张志东, 田呈明. (2019) 新疆不同来源金黄壳囊孢的多样性. 生物多样性, 27(10): 1122-1131.
[8] 舒江平, 罗俊杰, 韦宏金, 严岳鸿. (2018) 基于模式产地的分子证据澄清南平鳞毛蕨的分类学地位. 植物学报, 53(6): 793-800.
[9] 侯勤曦, 慈秀芹, 刘志芳, 徐武美, 李捷. (2018) 基于DNA条形码评估西双版纳国家级自然保护区对樟科植物进化历史的保护. 生物多样性, 26(3): 217-228.
[10] 朱宇佳, 焦凯丽, 罗秀俊, 冯尚国, 王慧中. (2018) 基于SSR分子标记的酸浆属植物亲缘关系研究. 植物学报, 53(3): 305-312.
[11] 刘青青, 董志军. (2018) 基于线粒体COI基因分析钩手水母的群体遗传结构. 生物多样性, 26(11): 1204-1211.
[12] 宋慧芳, 刘海双, 杨义明, 范书田, 李昌禹, 艾军. (2017) 山葡萄种质资源DNA条形码通用序列的筛选. 植物学报, 52(6): 723-732.
[13] 郝金凤, 张晓红, 王昱淞, 刘金林, 智永超, 李新江. (2017) 白洋淀湿地蝗虫多样性调查及DNA条形码应用研究. 生物多样性, 25(4): 409-417.
[14] 慈秀芹, 李捷. (2017) 系统发育多样性在植物区系研究与 生物多样性保护中的应用. 生物多样性, 25(2): 175-181.
[15] 魏亚男, 王晓梅, 姚鹏程, 陈小勇, 李宏庆. (2017) 比较不同DNA条形码对中国海岸带耐盐植物的识别率. 生物多样性, 25(10): 1095-1104.
Viewed
Full text


Abstract

Cited

  Shared   
  Discussed