采用空间自相关分析方法对硬叶兜兰（Paphiopedilum micranthum）和独花兰（Changnienia amoena）4个天然群体的小尺度空间遗传结构进行了研究，以探讨两种兰科植物群体内遗传变异的分布特征及其形成机制。根据来自12个（硬叶兜兰）和16个（独花兰）RAPD引物所提供的多态位点，计算出每个群体的空间自相关系数Moran I值。结果表明，在2个硬叶兜兰群体中，遗传变异在短距离（3～4 m）内表现出显著的正相关，在较大的距离内表现出显著的负相关，说明其遗传变异在群体内形成一定的空间结构。而对独花兰的空间自相关分析则显示，其遗传变异在参与计算的2个群体内不存在明显的空间结构。造成上述两种兰科植物具有不同空间分布特性的原因可能与其不同的繁殖方式有关。上述研究结果有助于进一步了解物种的进化历程和濒危机制，并为制定有效的保护策略和措施提供科学依据。

1999年春季和夏季对南沙海区网采浮游植物分布与多样性进行了调查。1999年春季渚碧礁潟湖观测站及春、夏季大面站的浮游植物细胞数量平均值分别为2.49×10⁴ cells/m³、0.73×10⁴ cells/m³和1.03×10⁴ cells/m³。1999年春季在渚碧礁湖共采到浮游植物26属51种，大面站31属109种；夏季大面站共检出38属172种。海区大面站春季、夏季浮游植物Shannon-Wiener多样性指数平均值分别为4.35和4.01；春季渚碧礁浮游植物多样性指数为2.92，低于外部开阔海域。南沙海区浮游植物的分布与水文、营养盐、浮游动物的摄食等均有一定的关系。

对伞形科濒危植物明党参（Changium smyrnioides）的种子生产、散布和种子库动态进行了研究。明党参平均每株产生完好种子132粒，86.36%来自顶生花序，不同生境中个体产生的种子千粒重有差异；其平均1.06 m高的花葶在种子散布过程中易倒伏，使种子远离母株；种子散布格局为聚集型；种子库密度随时间逐渐下降。明党参种子产量和不同时期种子库密度均低于同科非濒危植物峨参（Anthriscus sylvestris），2个种的种子库均为非持续型；明党参具有低种子数、大粒种子、种子散布远离母株以减少种内竞争的K对策，在受到人类大量采挖和生境干扰后种群不容易迅速恢复；而峨参采取高种子数、小粒种子、种子近母株密集分布和产生无性系的r对策，种群受干扰后易恢复。

根据对重庆缙云山风灾迹地人工混交林生态恢复的连续调查资料，采用Simpson指数(D)，Shannon-Wiener指数(H′)和Pielou 均匀度指数(J)进行α多样性测度，采用Sorenson指数，Bray-Curtis指数和Morisita-Horn指数进行β多样性测度。结果表明： 木本植物α多样性在时间尺度上的变化随人工混交林演替的进行而增大,草本植物的α多样性则减少；β多样性指数在不同的时间尺度上差异明显,说明风灾迹地人工混交林生态恢复过程中物种的周转速率相对较快，一些人工种植的针叶树种被常绿阔叶树种代替,这一特点反映了风灾迹地人工混交林向地带性植被常绿阔叶林的方向发展的趋势。

1997年10月～2000年12月间，作者对天津地区的20处湿地的水鸟进行了调查, 共记录到水鸟107种，分属7目14科39属。其中候鸟103种，占总数的96.2%。鸻形目和雁形目无论在种类上还是在数量上都占绝对优势，分别占水鸟群落种类组成的41.1%和31.1%。记录到包括东方白鹳（Ciconia boyciana）、黑鹳（Ciconia nigra）、丹顶鹤（Grus japonensis）、白鹤（Grus cogeranus）、大鸨（Otis tarda）及遗鸥（Larus relictus）在内的国家I级保护物种6种。记录到国家II级保护物种8种，分别为白枕鹤(Grus vipio)、蓑羽鹤(Anthropoides virgo）、灰鹤(Grus grus) 、海鸬鹚（Phalacrocorax pelagicus）、大天鹅（Cygnus cygnus）、小天鹅（C. columbianus）、疣鼻天鹅（C. olor）、白额雁（Anser albifrons）。对包括北大港水库、团泊洼水库、七里海水库及尔王庄水库在内的4个重点调查区域进行水鸟多样性分析表明，北大港水库的物种多样性及科、属多样性均较高，且有众多的珍稀物种，是一个重要的水鸟停歇地，应加强对该区域的保护。此外，本文提出在分析生物群落多样性时，应将分类因素与物种的数量因素综合起来考虑，因而同时使用G-F指数与Shannon-Wiener指数，可更为全面地评价某一地区的群落多样性。

在吉林省莫莫格保护区于2000年4～5月对途经此地的白鹤（Grus leucogeranus）种群数量和停歇地环境条件进行研究的结果表明：白鹤于4月3日左右迁来，高峰期在4月下旬，最多数量达到577只(4月27日), 5月8日离开莫莫格，停歇期36天。白鹤迁徙活动受风速、气温、降雨等天气条件影响。喜栖湿草甸、浅水湖泡及湖泡中间的“旱堑”。取食鱼类及植物，以植物性食物为主。本文提出了进一步研究和保护白鹤迁徙停歇地的措施。

大鲵（Andrias davidianus）为我国特有的珍稀两栖动物，已列入国家二级保护动物名录，并列入CITES公约附录I中。自20世纪50年代起，由于过度收购、非法捕杀和栖息地丧失等原因，大鲵种群数量下降极为严重，湖南、安徽等地的大鲵产量在20世纪50年代至70年代下降超过80%，分布区也极度萎缩，形成了12块岛屿状区域，目前分布于以我国中部山区的长江流域为主的17个省区。部分已建立的大鲵保护区经费短缺，人员不足，管理不力，状况不容乐观。非法捕捉和栖息地丧失仍是威胁大鲵生存的主要因素，保护管理力度还需进一步加强。

通过诱捕法和样方调查法获得曲阜地区蚂蚁4亚科15属19种。优势种为菱结大头 蚁(Pheidole rhombinoda)、粗面收获蚁(Messor aciculatus)和异色草蚁(Lasius alienus)，前2种亦是研究区域的广布种。根据调查数据分析了该地区5种生境中蚂蚁群落的结构及多样性特征，以及人为干扰和生境异质性对蚂蚁群落的影响。结果表明：5种生境中蚂蚁群落种类组成和多样性等指标均不相同。落叶阔叶林中蚂蚁群落种类数、Shannon-Wiener多样性指数(H‘)和Pielou均匀度指数(J)最高；人工杨树林中蚂蚁群落Shannon-Wiener多样性指数(H′)最低；河滩草丛中蚂蚁巢数、个体数以及种类优势度指数(D)最高。人类干扰越强的生境，蚂蚁群落多样性指数越低；生境质量和异质性越高的生境，蚂蚁群落多样性指数越高。聚类分析与群落结构序列分析结果基本一致，人工杨树林与人居环境中蚂蚁群落相似性最高，其他几个生境蚂蚁群落间相似性很低。同种蚂蚁在不同生境中巢穴和蚁群大小有差异。

1999年1～12月，研究了贫－中营养型的大型深水湖泊——浙江千岛湖浮游桡足类的群落结构，包括其种类组成、现存量动态及群落多样性。在一年的研究中，共观察到16种桡足类（5种哲水蚤、1种猛水蚤和10种剑水蚤）。根据各种桡足类（桡足幼体+成体）的年平均密度，哲水蚤的优势种为右突新镖水蚤(Neodiap tomus schmackeri）和球状许水蚤（Schmackeria forbesi）；剑水蚤的优势种为一种中剑水蚤(Mesocyclops notius)和近邻剑水蚤（Cyclops vicinus）。桡足类群落平均密度46.81个/L，生物量0.126 mg/L，物种多样性指数1.54。桡足类现存量的季节变化为夏>秋>冬>春，8月份密度达98.50个/L，生物量0.333 mg/L；5月份密度仅10.70个/L，生物量0.017 mg/L。水平变化以Ⅱ号站现存量为最高，密度达80.10个/L，生物量0.289 mg/L；Ⅴ号站的密度最低，仅29.80个/L；Ⅳ号站生物量最低，0.066 mg/L。多样性指数以Ⅰ站为最高3.21，Ⅸ站最低，仅0.85。桡足类群落多样性随着水体透明度的增大呈下降的趋势。

为了解特定生态环境中晚稻稻种的非致病细菌多样性以更有效地治理水稻主要病害,于1996～2001年间对采自浙江平原、丘陵及山区的606份稻种样本进行了非致病细菌种类、频率及对水稻纹枯病和恶苗病的抑菌作用研究。从中分离出9605个菌株，经致病性测定、菌落形态及部分细菌学特征（革兰氏染色、KMB培养基上的荧光色素和扩散性非荧光色素、YDC培养基上黄色菌落的产生、好气性、鞭毛及芽孢的染色镜检等）测定后,选出代表菌株622个，连同80个对照菌株用Biolog及脂肪酸分析法(FAME)进行测试。鉴定出Pseudomonas属11个种或型及其他14属的23种非致病细菌,并发现Pseudomonas属中55%的种及其他属中49%的种存在对水稻纹枯病或恶苗病的拮抗菌株,但不同种间的抑菌率存在较大差异。3类稻区均以Bacillus spp.、Acinetobacter spp.和P. putida等3个种群为主导并同时存在许多其他相似种，其中7个常见种的分离频率在不同稻区有显著差异。

野生贸易真菌即市场上出售的野生真菌，云南的野生贸易真菌资源十分丰富且长期以来受到关注。但以往对于这一资源的全面调查和研究较为缺乏。本项目通过市场调查、标本采集和鉴定，自1997～2001年连续4年对云南野生贸易真菌从种类、地理分布、季节变化、基于贸易量的优势度评价和经济价值5方面进行研究。云南野生贸易真菌已知共64属207种（含变种、变型），以担子菌中的牛肝菌属（Boletus）、口蘑属（Tricholoma）、鸡土从菌属（Termitomyces）、革菌属（Thelephora）、红菇属（Russula）、乳菇属（Lactarius）、丛枝瑚属（Ramaria）为主，表现出较高的多样性和较强的地区特有性。尽管具有人为选择的因素，但云南野生贸易真菌仍表现出较强的地理分布特异性：滇南地区包含较多的热带种类，具有较强的热带性质，而滇西北则具有较强的温带高山、亚高山性质，滇中、滇西南等地表现出亚热带和温带的过渡特征。以上各地区既有各自的代表种类，又通过某些过渡类群存在一定的联系。根据各个种贸易量的相对大小即优势度将贸易真菌分为4个等级，其中的优势Ⅰ级和优势Ⅱ级为主导种类。云南贸易真菌中约近90%的种类为食用菌，5%为药用菌，另有约7%为有毒种类。对每一种贸易真菌的经济价值给予了评价。

青海省海晏县克图地区是我国特有动物普氏原羚(Procapra przewalskii)的主要分布地之一。我们于2001年6月、7月和8月在该地区开展了围栏内外植物群落的比较研究。围栏内无家畜放牧，主要草食野生动物为普氏原羚；围栏外为草食家畜放牧区。我们发现，自从1999年建立草原围栏以后，围栏内外植物群落产生了明显差异：（1）地上生物量。6月份围栏外植物地上生物量显著低于围栏内（df=39，p<0.05）；7、8月份围栏外植物地上生物量显著高于围栏内 (df=39，p<0.05)。（2）植物高度。6月份围栏外的植物高度显著低于围栏内 (df=39,p<0.05)；7、8月份围栏外的植物高度与围栏内植物高度差异不显著 (df=39, p>0.05)。（3）植物盖度。6、7月份围栏外植物盖度显著低于围栏内 (df=19，p<0.05)；8月份围栏内外的植物盖度差异不显著（df=19，p>0.05）。（4）牧草的比例。围栏外明显低于围栏内 (df=6, p<0.05)；围栏外非牧草的比例明显高于围栏内（df=6,p<0.05）。（5）生物多样性。植物生长季节围栏外植物群落的生物多样性显著高于围栏内 (df=6, p<0.05)。在草原生态系统围栏内外植物群落研究结果比较的基础上，讨论了草食动物采食强度对草原生态系统植物群落影响和围栏与野生动物保护的关系，提出了普氏原羚的保护对策。

由于同一物种不同种群的重要性不同、用于物种保护的资金有限以及保护与发展经济之间的矛盾，因此对于重要物种（尤其是濒危种类以及农作物和驯化动物的野生近缘种）需要确定保护什么以及保护哪儿。目前确定优先保护种群的方法主要有3类，分别为基于遗传变异、基于遗传差异性和基于遗传贡献率的方法。基于遗传变异的方法主要是根据遗传变异程度（尤其是等位基因多样性）来确定优先保护的顺序，但忽略了种群之间的遗传差异性，这容易使得存在于遗传变异程度较低的种群中的特有等位基因得不到有效保护。而基于遗传差异性的方法（如确定进化显著单元）则是从遗传分化程度的角度考虑优先性，即独特性越强的种群越具有保护价值。基于遗传贡献率的方法由于综合考虑了遗传多样性和差异性，最适合于确定哪些种群需要优先保护。我国开展此类研究十分必要。

华西雨屏带为四川盆地西部边缘独特的自然地理区域。东西宽50～70 km，南北长400～450 km，总面积约2.5万km2，仅占我国国土总面积的0.26%左右。本区以自然风景优美、天然植被类型丰富、动植物资源种类多样而享誉中外。迄今为止，尚未将华西雨屏带作为相对独立的自然地理单元来研究其生物多样性。本文从当地剧烈的地形、地貌变化，特殊的气候、植被类型与动物栖息环境以及邻近人类聚居区的特点入手，扼要阐述了本区生态系统与环境的多样性状况。进一步通过对当地动植物种类，尤其是种子植物、兽类、鸟类、鱼类物种多样性与珍、稀、危、特保护物种的数量比重分析，提出了本带作为我国乃至世界上研究与保护生物多样性的热点区域的立论依据。华西雨屏带是一个大尺度、复合性的生态过渡带（ecotone），是我国西部地区以阴湿为主要特征的罕见的气候地理单元   
，是我国西部生态保护与建设的一道绿色屏障，是我国生物多样性保护与研究不可替代的关键地区之一。

针对农田生物多样性分析的需要，研制出泛函连接网络（FLANN）计算软件。该软件由7个Java类和1个HTML文件组成，是一种Internet在线计算工具，可运行于多种操作系统和Web浏览器上，并在各种类型的PC及工作站上使用，可读取多种类型的数据库文件。对水稻田昆虫生物多样性的两组取样调查数据Zmar18和Zapr15，用生物多样性工具软件LUMP和非监督分类－离差平方和聚类法进行统计归纳及分类，分别划分为21个和20个功能群，各包含60个样本。以FLANN计算软件对昆虫生物多样性进行了模式分类分析。结果表明，泛函连接网络的模式分类及预测与实际测查结果吻合良好。泛函连接网络Internet在线计算软件的应用可促进生物多样性数据采集和分析的规范化，有利于数据和信息共享，也为形成高度的生物多样性智能分析系统提供了一种工具。