近年来,RAPD数据和AMOVA分析广泛地应用于群体遗传学和保护遗传学研究。然而,由于RAPD标记具显性特点,加上目前进行AMOVA分析所依赖的RAPDistance软件不完善,使得对RAPD数据进行AMOVA分析时存在许多不足。本文介绍了AMOVA分析的基本过程,同时引入一个新的程序DCFA用以替代RAPDistance,并详述了将DCFA与WINAMOVA联用,对RAPD数据进行AMOVA分析的具体步骤与注意事项。最后,以产自中国和巴西8个普通野生稻(Oryza rufipogon)天然群体为例,演示了对RAPD表型数据进行AMOVA分析的过程,讨论了AMOVA分析结果在群体遗传结构上的意义。通过对AMOVA算法的分析,同时比较4种距离系数所得AMOVA结果,我们认为在进行AMOVA分析时选择NEILI距离和欧氏距离平方较为合适,而目前国内使用较多的JACCARD系数不适合AMOVA分析。