于1999～2001年调查了神农架自然保护区6个地点不同栖息地的非飞行哺乳动物的物种丰富度。栖息地分为8类：原始林、择伐林（采伐枯立木）、次生林、灌木林、草地、常年性河流水溪、农田和人居住区。小型非飞行哺乳动物调查用捕鼠夹；大型非飞行哺乳动物调查主要根据皮张收购资料以及样线法和痕迹法；用10 m×10 m的样方调查林地树种丰富度。调查发现，神农架自然保护区有非飞行哺乳动物59种［不包括引进种梅花鹿（Cervus nippon）］。在同一海拔高度，原始林通常比择伐林和次生林的物种丰富度高，说明采伐严重降低了物种丰富度。对比同一栖息地不同海拔高度的物种丰富度，我们发现，在中海拔地段（800～1700 m）物种丰富度最高：如在原始林和次生林，海拔1700 m的东溪物种丰富度最高；在择伐林，海拔800 m的九冲物种丰富度最高。聚类分析显示，6个地点的哺乳动物物种组成可以分为两组：高海拔组（2100 m以上）和中低海拔组（1700 m以下）。各地点的哺乳动物物种组成与植被的垂直分布是一致的。各地点的物种丰富度与单位面积（100 m²）树种平均丰富度、栖息地类型数和海拔高度相关。3个环境变量间也是相关的：海拔高度对单位面积树种平均丰富度和栖息地类型数有重要影响。根据研究结果提出两点保护建议：第一，保护区的移民迁出和退耕还林工程应首先在物种丰富度最高的九冲进行，而后是东溪和下谷；第二，为了增加个体流和基因流，保护区东西两片相间的非保护区地带应划入保护区，建立栖息地廊道。

Trichoderma harzianum是木霉属内最常见的一个“集合种”。本研究对来源不同的T.harzianum及其相似种的46个菌株进行了ITS序列测定，将其ITS1-5.8S-ITS2序列与来自EMBL的参考菌株的序列进行比较，并进行系统发育分析，此外对其中的18个菌株进行了RAPD多态性分析，试图明确T. harzianum 的多样性以及与其相似种之间的关系。ITS结果表明，T. harzianum及其相似种可分成2个群（A、B）：A群由T.hamatum、T.asperellum、T. atroviride、T.koningii和T.viride组成，并形成 2个分支，表明T.viride和T.koningii、T. atroviride的亲缘关系较近，而与T.hamatum、T.asperellum较远；B群由T.spirale、T.hamatum、T.inhamatum、T.harzianum 和T.anam.Hypocrea vinosa组成，并形成6个分支。T.inhamatum可分成2个群（Ti1、Ti2）、T.harzianum至少可分成5个群（Th1、Th2、Th4、Th5、Th6）。结果还表明T.hamatum的遗传差异较大，T. hamatum的模式菌株归属于A群，而其他的T.hamatum的菌株归属于B群。RAPD结果与ITS的结果基本一致。

以1997年 6月、1998年9月和1999年4月共3个航次，覆盖渤海中、南部大部分海区的大型底栖动物丰度、生物量和生产力的研究为基础，进一步对其物种多样性进行了分析。结果表明：研究海域的大型底栖动物物种多样性没有明显的平面分布规律；物种多样性指数与沉积物因子的相关性高于其与底层水因子的相关性；沉积物中污染物含量的确会对大型底栖动物的多样性造成影响。通过对3个航次中3个相同站位的比较，发现不同年份之3个季节的平均Shannon Wiener指数无显著差异（P>0.05）；而1998年9月和1999年4月2个航次中20个相同站位的平均Shannon Wiener指数同样也未表现出明显的差异（P>0.05）。此外，渤海的物种数量要明显地高于胶州湾。

在白皮松主要分布区抽取了10个天然群体进行酶电泳分析，共测定了16种酶系统，得到31个清晰酶位点和53个等位基因。按照基因频率进行分类，53个基因中有32个全局基因、14个广域基因、6个局域基因和1个特异基因。通过计算机模拟建立基因捕获曲线的结果表明，随机抽取5个群体可平均捕获99.9%的基因。群体的等位基因频率与地理生态因子的相关分析表明，Idh与Pgi^-2两个位点的基因频率呈现明显的梯度变异。该项研究为有效保护白皮松天然群体的基因资源提供了依据。

对西双版纳勐腊县麻木树地区的热带雨林刀耕火种撂荒后形成的不同演替阶段的野芭蕉先锋植物群落进行了植物种类组成、区系成分、结构特征及种群数量与年龄结构的动态变化分析。结果表明：在1000m²的样地上，随着群落的发展和演替的进行，群落的科、属、种组成日趋复杂，从侵入阶段的17科27属30种，上升到定居阶段的50科74属98种，至扩散阶段已达55科87属113种。3个不同林龄阶段的群落区系组成可分为9种类型，均以热带区系成分为主，占90% 左右。随着群落的发展，泛热带分布、热带亚洲（印度—马来西亚）分布所占的比例随林龄逐渐增大，而旧世界热带分布及东亚至北美洲间断分布所占的比例在逐渐减少。群落的层次结构由简单趋于复杂，野芭蕉的种群数量急剧增长，各龄级的个体分布逐渐增多，群落正向着湿润性的热带森林方向发展。

1984～2000年间，对娘子关泉域的藻类植物进行了15次采集，共采得藻类植物标本200余号。经鉴定，有107种，隶属7门，32科，49属。其中，以绿藻门的种类最多，有13科，19属，45种。其次是裸藻门，有2科，7属，26种。排在最后的是轮藻门，有1科，1属，3种。群落主要包括8类，即刚毛藻-红毛菜群落(Cladophora Bangia community)，刚毛藻群落(Cladophora community)，拖拉藻-轮藻群落(Chara Thorea community)，弯枝藻-拖拉藻群落(Composopogon-Thorea community)，水绵-双星藻群落(Spirogyra Zygnema community)，无隔藻群落(Vaucheria community)，串珠藻群落(Batrachospermum community)和泡状饶氏藻群落(Jaoa community)。其中，有的群落类型已趋于消失或消失，许多种类已成为濒危物种，其原因主要是人为因素造成藻类植物生存环境的改变或破坏。本文也提出了相应的保护对策。

为探讨山西省主要植被区的虫生真菌资源区系分布特点,于1996～2001年连续对山西省境内芦芽山、庞泉沟、蟒河3个国家级保护区的虫生真菌进行了生态多样性研究。采集的469份昆虫标本中有276份分离出真菌，总检出率为58.8%。根据菌落形态、营养体、孢子等特征将124株虫生真菌初步鉴定到属，其中110株已鉴定到种和专化型，共计10属25种。对各地区和各生境中真菌类群进行统计比较的结果表明，各保护区内虫生真菌物种资源都很丰富，广泛分布在不同的生境中，但具有明显的地域性分布特点。从菌株数量来看，从大到小依次为蟒河（45株）＞庞泉沟（40株）＞芦芽山（39株）；从属的种类来看，蟒河地区（10属）标本中的类群略多于其他2个自然保护区；但从属内种类多样性来看，蟒河（18种）明显比其他2个自然保护区丰富。白僵菌(Beauveria spp.)、绿僵菌（Metarhizium spp.）等优势类群具有明显的垂直分布带谱和小生境分布特点，中等海拔区域（1000～2000m）分离菌株数最多，占到66%以上，包含种类最丰富，几乎囊括了所有种类，混交林、阔叶林和溪边灌林中，虫生真菌种类丰富，分布均匀，尤以混交林中菌株最多，共23株，占到37%，种类也最丰富，包含8种。

利用路线调查方法分别于1998年3月、7～8月和2000年5～8月对四川省巴塘县的矮岩羊（Pseudois schaeferi，亦称倭岩羊）种群进行了初步研究。结果显示，矮岩羊目前主要栖息在巴塘县竹笆笼到苏阿龙一带的河谷以及支流两侧地势陡峭的悬崖绝壁上的岩壁草丛中，在面积大约200 km²的范围内活动，种群数量大约在141只左右，活动群体的大小为2～10只，种群平均密度为0.705只/km²，种群雌雄性比为100：70.4。幼体组、亚成体组、成体组分别占所观察到总数量的13.0%、29.8% 和 57.2%。矮岩羊生性胆小，易受惊吓，休息时喜欢用前脚刨地，这个动作约占休息时间的1/3。从20世纪50年代以来，矮岩羊的种群数量下降很快，森林面积的锐减、人为猎杀、过 度放牧是影响矮岩羊生存环境和种群数量的主要原因。

生态系统服务和产生这些服务的自然资本对于地球生命保障系统是至关重要的。它们直接或间接为人类提供了利益，并因而成为这个星球整个经济价值的一部分。本文讨论了关于生态系统服务功能研究的4个科学问题：即生态系统服务功能的精确定性、定量和定位，生态系统服务功能的空间转移，生态系统服务功能与生态安全，以及生态系统服务功能的持续利用。生态系统结构的空间异质性导致生态系统服务功能出现了空间上的异质性，因此生态系统服务功能的精确定性、定量和定位就十分重要了。生态系统服务功能的空间转移是指一些服务功能可能会通过某些途径，在空间上转移到系统之外的具备适当外部条件的地区并产生效能。这种特性使得生态系统服务功能可以在比其栖息地大得多的范围内产生经济价值。生态系统服务功能为人类提供了生存保障，它们的能力取决于生态系统中的生态资本存量；而生态资本存量的多少反映了一个国家可持续发展能力的大小。一个生态系统的生态资本存量与该系统的结构和功能密切相关，因此，生态系统服务功能受威胁状态就引发了生态安全问题。在许多区域，生态资源已经成为稀缺资源。为了持续利用生态资源，应该鼓励当地居民以经营生态系统服务为主要手段来发展经济，实现生态系统服务管理产业化。这4个关于生态系统服务功能的科学问题是相互关联的。讨论它们的目的是在于探索深入研究生态系统服务功能的切入点。

兰科植物是植物保育中的“旗舰”类群（flag group）。中国不是兰科植物种类最丰富的地区，但具有最复杂多样的地理分布类型以及众多的原始类群，因此，开展对中国兰科植物的研究和保育是世界兰科植物研究和保育工作中的重要组成部分。本文介绍了目前中国兰科植物研究和保育的现状，分析了与国际同类工作相比存在的差距，并对今后的发展方向提出了一些看法。

如何在减小采样付出和获取真实信息之间取得平衡，是大尺度生物多样性评价的一个主要问题。本文首先给出了大尺度评价的定义，然后回顾其历史并指出了其中存在的问题。接着从采样空间策略、代理物种、评价指标、快速评价技术、遥感技术5个方面对评价设计方法学作了总结，最后引入了多尺度生物多样性评价体系，作为解决问题的思路。该体系要求在一系列空间尺度上对生物多样性的特征值进行采样和计算，其核心是中间尺度的构建，可以采用自底向上和自顶向下两种思路构建中间尺度。对于多样性的保育来说，中间尺度至关重要，生物多样性的评价、管理规划和实践的整合需要在中间尺度上进行。大尺度生物多样性变化可以作为整合的背景，而小尺度是保育管理行动的合适尺度。

根据世界自然保护联盟（IUCN）1994年前制订的《IUCN红色名录》和1994年IUCN理事会第40次会议上通过的《世界物种红色名录濒危等级》(IUCN Red List Catagories)，针对我国1989年颁布的《国家重点保护野生动物保护名录》和2000年国家林业局颁布的《国家保护的有益或者有重要经济、科学价值的陆生野生动物名录》中有关蝴蝶的部分，简述制订时的历史背景，就其中涉及海南分布的蝴蝶保护种划分的科学依据进行了探讨；建议今后蝴蝶保护名录修订时应将栖息地的保护状况列为评估濒危状况的首要依据，使保护名录更附合客观事实并有利于保护的可操作性；提出保护生物资源的最终目的是在条件成熟时对它们进行利用，如果可持续性利用的生物资源不加以利用，就是对资源的浪费；在利用中需引入高新技术、开拓创新，以提高利用效益，进而提升资源保护的管理水平。