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东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析
刘莉, 舒江平, 韦宏金, 张锐, 沈慧, 严岳鸿
生物多样性    2016, 24 (12): 1325-1334.   DOI: 10.17520/biods.2016231
摘要   (2006 HTML38 PDF(pc) (54880KB)(2366)  

岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属, 是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识, 本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台, 共计获得4.95 Gb原始数据(raw data), 经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads), 并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中, 54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据, 对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释, 并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时, 转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。


编码 ID 代谢通路名称 Pathway unigene数目 No. of unigene 百分比 Percentage (%)
ko01100 代谢通路 Metabolic pathways 2,618 23.03
ko01110 次生代谢产物的生物合成 Biosynthesis of secondary metabolites 1,418 12.47
ko01200 碳代谢 Carbon metabolism 406 3.57
ko01230 氨基酸生物合成 Biosynthesis of amino acids 330 2.90
ko03040 剪接体 Spliceosome 297 2.61
ko03010 核糖体 Ribosome 292 2.57
ko00500 淀粉与蔗糖代谢 Starch and sucrose metabolism 263 2.31
ko04075 植物激素信号转导 Plant hormone signal transduction 255 2.24
ko00230 嘌呤代谢 Purine metabolism 243 2.14
ko04141 内质网中的蛋白质加工 Protein processing in endoplasmic reticulum 230 2.02
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表7 KEGG分类中unigene数量最多的10个代谢通路
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