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东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析
生物多样性
2016, 24 (12):
1325-1334.
DOI: 10.17520/biods.2016231
岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属, 是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识, 本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台, 共计获得4.95 Gb原始数据(raw data), 经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads), 并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中, 54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据, 对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释, 并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时, 转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。
表1
已发表的5个蕨类植物转录组测序及组装信息
正文中引用本图/表的段落
表1 已发表的5个蕨类植物转录组测序及组装信息
本研究利用RNA-seq技术对岩穴蕨的转录组进行测序分析, 拼接组装获得了大量的转录本序列信息.通过进一步的功能注释、功能分类、代谢途径注释等生物信息学分析, 对这些基因的功能、特性、作用方式进行了研究, 并针对岩穴蕨的环境适应性进行了重点分析.希望可为从分子水平开展蕨类植物生物多样性研究提供数据支持, 并为蕨类植物的环境适应研究奠定基础. ... 鸟巢蕨转录组高通量测序及分析 2 2014 ... 对于缺乏基因组信息的蕨类植物而言, 转录组测序技术的发展为我们进一步研究蕨类植物提供了新机遇.目前, 已发表转录组数据的蕨类植物主要有: 欧洲蕨(Pteridium aquilinum)、水蕨(Cerato- pteris richardii)、鸟巢蕨(Asplenium nidus)、海金沙(Lygodium japonicum)、巨木贼(Equisetum giganteum)等(
本文的其它图/表
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