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东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析
刘莉, 舒江平, 韦宏金, 张锐, 沈慧, 严岳鸿
生物多样性    2016, 24 (12): 1325-1334.   DOI: 10.17520/biods.2016231
摘要   (2006 HTML38 PDF(pc) (54880KB)(2366)  

岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属, 是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识, 本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台, 共计获得4.95 Gb原始数据(raw data), 经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads), 并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中, 54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据, 对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释, 并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时, 转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。


转录本
Transcript
单基因簇
Unigene
序列数目 Sequence number 107,197 101,448
平均长度 Mean length (bp) 955 900
最大长度 Max. length (bp) 14,804 14,804
最小长度 Min. length (bp) 201 201
N50值 N50 1,907 1,817
GC含量 GC content 0.44 0.44
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表3 岩穴蕨转录组de novo组装结果统计
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