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东亚特有珍稀蕨类植物岩穴蕨(碗蕨科)高通量转录组测序及分析

刘莉, 舒江平, 韦宏金, 张锐, 沈慧, 严岳鸿

生物多样性 2016, 24 (12): 1325-1334. DOI: 10.17520/biods.2016231

摘要（2595）

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岩穴蕨(Monachosorum maximowiczii)隶属于碗蕨科稀子蕨属, 是东亚中高海拔地区所特有的珍稀濒危植物。为了在分子水平对该物种有进一步的认识, 本文首次利用二代高通量测序技术(RNA-seq)对岩穴蕨进行了转录组测序分析。通过Illumina Hiseq 2500测序平台, 共计获得4.95 Gb原始数据(raw data), 经过滤后得到4.83 Gb有效数据(clean reads), 并进行从头组装得到了101,448条unigene。其中, 54,106条unigene预测到完整的开放阅读框。我们利用目前已知的51个植物基因组数据, 对岩穴蕨的unigene进行了详尽的功能注释, 并通过GO、COG、KEGG注释进一步了解了这些编码基因的作用方式、特征以及所参与的代谢通路。同时, 转录因子分析结果也为岩穴蕨的环境适应机制研究提供了初步线索。

三大类 Three categories	GO条目 GO term	Unigene 数目 No. of unigene
生物学过程 Biological process	生物过程调控 Regulation of biological process	1,368
	细胞组织部分或生物合成 Cellular component organization or biogenesis	561
	定位活性 Establishment of localization	1,559
	免疫系统进程 Immune system process	9
	单一的生物过程 Single-organism process	5,268
	定位 Localization	1,576
	细胞活动 Locomotion	8
	生物粘附 Biological adhesion	2
	刺激反应 Response to stimulus	994
	细胞杀伤 Cell killing	1
	繁殖进程 Reproductive process	24
	生物调节 Biological regulation	1,448
	代谢进程 Metabolic process	9,458
	信号传导 Signaling	393
	生长 Growth	16
	细胞进程 Cellular process	8,525
	发育进程 Developmental process	37
	有机体进程 Multi-organism process	32
	繁殖 Reproduction	12
	生物过程的负调控 Negative regulation of biological process	48
	多细胞进程 Multicellular organismal process	54
	生物过程的正调控 Positive regulation of biological process	35
细胞组分 Cellular component	细胞器部分 Organelle part	864
	细胞 Cell	2,598
	高分子复合物 Macromolecular complex	1,399
	膜结构 Membrane	2,329
	胞外区域 Extracellular region	21
	膜部分 Membrane part	1,361
	病毒体 Virion	1
	膜关闭内腔 Membrane-enclosed lumen	150
	细胞部分 Cell part	2,598
	细胞器 Organelle	1,859
	胞外基质部分 Extracellular region part	1
	胞外基质 Extracellular matrix	1
	病毒体部分 Virion part	1
分子功能 Molecular function	结合蛋白转录活性 Protein binding transcription factor activity	60
	鸟嘌呤核苷酸交换因子活性 Guanyl-nucleotide exchange factor activity	33
	抗氧化活性 Antioxidant activity	114
	受体活性 Receptor activity	105
	结构分子活性 Structural molecule activity	294
	分子转导活性 Molecular transducer activity	116
	酶调节活性 Enzyme regulator activity	118
	营养库活性 Nutrient reservoir activity	7
	金属伴侣蛋白活性 Metallochaperone activity	4
	催化活性 Catalytic activity	8,722
	转运活性 Transporter activity	936
	结合活性 Binding	9,666
	电子载体活性 Electron carrier activity	119
	核苷酸结合转录因子活性 Nucleic acid binding transcription factor activity	350

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表4 岩穴蕨unigene的GO功能类别

正文中引用本图/表的段落

表4 岩穴蕨unigene的GO功能类别

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