非飞行小型兽类(下文简称小型兽类)是除翼手目之外所有体型较小的哺乳动物的总称, 主要包括啮齿目、劳亚食虫目和兔形目。小型兽类种类丰富且种群数量庞大、分布范围广, 占哺乳动物总种数的71.4% (Wilson & Reeder, 2005), 是重要的生物多样性指示类群, 亦是维持生态系统稳定的重要部分。同时它们还是多种体表与体内寄生虫的重要寄主, 在一些自然疫源性疾病的传播和流行中起着重要作用(李栋和龚正达, 2011)。但由于个体较小、种类繁多、外形相似、标本采集缺乏系统性等原因, 小型兽类的分类与研究相对薄弱。近些年, 随着分子系统学的迅速发展与整合分类研究方法的广泛运用, 我国小型兽类的分类与系统发育研究取得了较为明显的进展, 大量小型兽类新种和新记录种被发现, 一些属和种的分类地位发生了改变(蒋志刚等, 2016; 魏辅文等, 2021)。因此, 区域性的物种多样性编目也有必要进行更新。
皖南地区是指安徽长江以南的区域, 包括池州市、宣城市、黄山市的全域和芜湖市、铜陵市、马鞍山市的部分地区, 地处亚热带季风气候区, 地形复杂、气候多样。在动物地理区划上, 皖南位于东洋界华中区, 但东洋界、古北界动物在此相互渗透。正是由于这种特殊的地理位置使其成为安徽省哺乳动物多样性最为丰富的区域, 也是华东地区哺乳动物多样性最有代表性的区域之一(王岐山, 1990; 王新建等, 2007)。近年对于皖南地区哺乳动物多样性的研究主要集中在大中型兽类(刘凯等, 2017), 而关于小型兽类的调查主要集中在20世纪80、90年代(黄文几等, 1978; 王岐山等, 1981)。近30年来, 鲜有针对皖南地区小型兽类的专项调查, 保护区小型兽类本底资源多引用历史文献资料。近3年在皖南地区先后发现了安徽麝鼩(Crocidura anhuiensis) (Zhang et al, 2019)、东阳江麝鼩(C. dongyang- jiangensis) (Liu et al, 2020; 陈顺德等, 2021)和黄山猪尾鼠(Typhlomys huangshanensis) (Hu et al, 2021) 3个小型兽类新种; 以及台湾灰麝鼩(Crocidura tanakae) (陈中正等, 2019)、侯氏猬(Mesechinus hughi) (陈中正等, 2020)和红耳巢鼠(Micromys erythrotis) (裴枭鑫等, 2021) 3个安徽省小型兽类新记录。这些发现表明皖南地区的小型兽类调查还远不充分, 其多样性可能被低估。
本研究于2018年5月至2019年12月期间利用夹日法和陷阱法对皖南地区14个区域的小型兽类进行了调查, 利用形态学和DNA条形码技术(Cyt b和COI基因)对所采集的标本进行了鉴定。同时, 本文以《安徽兽类志》(王岐山, 1990)为基础, 结合本次调查结果和近期研究成果, 更新了皖南地区小型兽类名录。本研究的开展旨在为皖南及其周边区域小型兽类的保护和研究提供基础资料。
1 材料与方法
1.1 研究区域概况
皖南地区(29°31′-31°00′ N, 116°31′-119°45′ E)指安徽省长江以南区域, 包括芜湖、马鞍山、铜陵、宣城、池州、黄山六市, 西南和东南分别毗邻江西省和浙江省, 面积约3.12万km2。皖南地区以山地丘陵为主, 植被以热带至亚热带成分为主, 年均降水量1,100-2,500 mm, 年均气温15.5-16.3℃, 是亚热带向温带过渡的重要区域。皖南地区生物资源丰富, 属我国35个生物多样性优先保护区域之一。
1.2 标本采集与制作
2018年5月至2019年12月期间, 先后对皖南地区14个区域(芜湖市: 赭山、天门山、神山、龙窝湖; 宣城市: 溪口镇、郎溪县郊、清凉峰、金梅岭、牛桥乡; 池州市: 牯牛降、石台县郊; 黄山市: 太平湖、屏山村、九龙峰)的小型兽类进行了系统的调查(图1)。夹日法采集工具为Sherman鼠笼(长 × 宽 × 高: 25 cm × 8 cm × 8 cm)和铁制鼠夹(长 × 宽: 12 cm × 8 cm), 其中鼠笼内以麦片、鼠夹上以花生作为诱饵; 陷阱法采集工具为塑料小桶(桶高 × 桶口直径 × 桶底直径: 16 cm × 19 cm × 16 cm)。
图1
图1
皖南地区小型兽类调查地点示意图。▲ 代表调查样点。1: 赭山; 2: 天门山; 3: 龙窝湖; 4: 神山; 5: 太平湖; 6: 屏山村; 7: 溪口镇; 8: 郎溪县郊; 9: 金梅岭; 10: 牛桥乡; 11: 牯牛降; 12: 石台县郊; 13: 九龙峰; 14: 清凉峰。
Fig. 1
Sketch map of small animal survey areas in southern Anhui. ▲ represents the sampling site in this study. 1, Zheshan; 2, Tianmen Mountain; 3, Longwo Lake; 4, Shenshan; 5, Taiping Lake; 6, Pingshan Village; 7, Xikou Town; 8, Suburb of Langxi County; 9, Jinmeiling; 10, Niuqiao Town; 11, Guniujiang; 12, Suburb of Shitai County; 13, Jiulongfeng; 14, Qingliangfeng.
野外测量并记录每个捕获个体的体重、体长、尾长、后足长、耳长、性别、繁殖状态等信息, 并进行初步鉴定。选取部分皮毛较好、头骨完整的个体做成假剥制标本, 将所有假剥制标本和部分外形鉴定有困难的个体头骨取出, 制作头骨标本。采集的所有标本取少量组织(肌肉或肝脏)浸制于无水乙醇中, 带回室内后于-70℃超低温冰箱冻存。
1.3 形态学鉴定
1.4 物种分子鉴定
依据形态鉴定结果选取了68个样品(约为总捕获个体的10%)扩增COI和Cyt b基因序列。在GenBank下载了与所测序列相似度最高的一条或几条序列作为参考序列与新测得的序列合并进行系统发育分析。使用MEGA-X 10.2.2内的ClustalW进行多序列比对, 确保序列均能翻译成氨基酸, 并基于Kimura 2-parameter模型进行遗传距离计算。使用PhyloSuite (Zhang et al, 2020)中的IQ-tree和MrBayes分别构建COI和Cyt b 序列的最大似然树(maximum likelihood tree, ML tree)和贝叶斯树(Bayesian inference tree, BI tree)。用FigTree v1.4.3软件进行树形修饰与输出。
最后结合分子鉴定和形态鉴定结果, 并参考近30年的研究成果, 在《安徽兽类志》(王岐山, 1990)的基础上整理皖南小型兽类的多样性, 编制皖南地区小型兽类物种名录。
2 结果
2.1 小型兽类调查
此次调查在皖南14个样区(图1)共布设鼠笼、鼠夹和陷阱9,430个夹日(表1), 捕获标本647号, 调查总体捕获率为6.86%, 其中九龙峰捕获率最高(9.5%), 溪口镇捕获率最低(2.0%)。共130号被制作成假剥制标本, 所有标本均保存于安徽师范大学生物标本馆。这些标本隶属3目8科17属21种, 另观测到野外实体1种, 即华南兔(Lepus sinensis)、访问调查记录1种, 即利安德水鼩(Chimarrogale leander), 共23种。这23种小型兽类中, 啮齿目4科10属13种, 劳亚食虫目3科6属9种, 兔形目1科1属1种。捕获最多的物种为福建绒鼠(Eothenomys colurnus), 有198只, 占总捕获物种数的30.6%, 其主要分布在海拔1,000 m以上的中高海拔区域。黑线姬鼠(Apodemus agrarius)分布范围最广, 在7个调查区域有分布; 其次为海南社鼠(Niviventer lotipes), 在5个调查区域被捕获; 安徽麝鼩和黄山猪尾鼠为皖南地区特有种, 此次调查仅记录清凉峰海拔600 m以上区域。
表1 皖南地区小型兽类调查信息
Table 1
| 样点 Sample site | 夹日数 Trapping days | 捕获数 Capture number | 捕获率 Capture rate (%) | 物种数 Number of species | 样点 Sample site | 夹日数 Trapping days | 捕获数 Capture number | 捕获率 Capture rate (%) | 物种数 Number of species |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 神山 Shenshan | 200 | 11 | 5.5 | 4 | 郎溪县郊 Suburb of Langxi County | 180 | 8 | 4.4 | 3 |
| 天门山 Tianmen Mountain | 200 | 5 | 2.5 | 3 | 金梅岭 Jinmeiling | 200 | 12 | 6.0 | 5 |
| 龙窝湖 Longwo Lake | 200 | 13 | 6.5 | 2 | 牛桥乡 Niuqiao Town | 200 | 9 | 4.5 | 2 |
| 太平湖 Taiping Lake | 200 | 8 | 4.0 | 5 | 溪口镇 Xikou Town | 150 | 3 | 2.0 | 3 |
| 屏山乡 Pingshan Village | 200 | 11 | 5.5 | 5 | 赭山 Zheshan | 200 | 5 | 2.5 | 3 |
| 九龙峰 Jiulongfeng | 400 | 38 | 9.5 | 7 | 牯牛降 Guniujiang | 400 | 12 | 3.0 | 5 |
| 清凉峰 Qingliangfeng | 6,500 | 507 | 7.8 | 16 | 石台县郊 Suburb of Shitai County | 200 | 5 | 2.5 | 4 |
| 合计 Total | 9,430 | 647 | 6.86 | 23 | 合计 Total | 9,430 | 647 | 6.86 | 23 |
2.2 物种分子鉴定
本研究成功获得61条COI序列和64条Cyt b序列(图2)。序列全部上传到GenBank, 序列号: MW585697-MW585811。利用IQtree构建的ML树和MrBayes构建的BI树拓扑结构相似, 使用COI序列和Cyt b序列构建的系统发育树结构也无明显差异(图2)。除皖南地区的川西缺齿鼩(Chodsigoa hypsibia)、青毛巨鼠(Berylmys bowersi)、赤腹松鼠(Callosciurus erythraeus)和侯氏猬与其他地区的物种出现了明显的分化外, 其他物种的单系性都得到了较好的支持(UFboot ≥ 95; PP ≥ 0.95)。与GenBank现公布的其他地区的标本序列相比, 皖南地区川西缺齿鼩Cyt b遗传距离达到9.0%, COI遗传距离达到7.7%; 青毛巨鼠Cyt b遗传距离达到7.1%, COI遗传距离达到5.6%; 华南缺齿鼹(Mogera latouchei) Cyt b遗传距离为6.6%; 赤腹松鼠的Cyt b遗传距离为5.8%; 侯氏猬Cyt b遗传距离为4.7% (附录2)。
图2
图2
基于COI (a)和Cyt b (b)序列的最大似然树。节点数值表示后验概率(PP)及自展支持率(UFboot), “-”表示不支持。粗体为皖南采集标本序列, “*”标记为Cyt b遗传距离 > 5%的物种。
Fig. 2
ML trees based on COI (a) and Cyt b (b) sequences. Numbers presented at each node are posterior probabilities (PP) and UFbootstrap values (UFboot), “-” indicates no support. Bold sequences indicate the new samples from southern Anhui, and the “*” mark is the species with the Cyt b genetic distance more than 5%.
2.3 小型兽类物种名录
结合历史资料, 皖南地区共有小型兽类34种, 隶属3目9科24属(附录1), 占安徽小型兽类总数的77.3%。与《安徽兽类志》(王岐山, 1990)相比, 新增了8个物种, 即: 川西缺齿鼩、安徽麝鼩、东阳江麝鼩、台湾灰麝鼩、侯氏猬、红耳巢鼠、大麝鼩(Crocidura lasiura)和山东小麝鼩(Crocidura shantungensis); 删除了2个物种: 北小麝鼩(Crocidura suaveolens)和灰麝鼩(Crocidura attenuata)。根据Liu等(2019), 魏辅文等(2021)和汪巧云等(2020), 我们对物种归类进行了更新: 猪尾鼠(Typhlomys cinereus)变更为黄山猪尾鼠, 针毛鼠(Niviventer fulvescens)变更为华南针毛鼠(N. huang), 社鼠(Niviventer niviventer)变更为海南社鼠, 黑腹绒鼠(Eothenomys melanogaster)变更为福建绒鼠(E. colurnus), 中国豪猪(Hystrix hodgsoni)变更为马来豪猪(H. brachyura), 隐纹花松鼠(Tamiops swinhoei)变更为倭花鼠(T. maritimus), 喜马拉雅水鼩(Chimarrogale himalayica)变更为利安德水鼩(C. leander)。
3 讨论
皖南地区作为华东地区的生物多样性代表区域, 其物种分布具有很强的独特性(王岐山, 1990)。除近期已报道的3个新种(Zhang et al, 2019; Liu et al, 2020; Chen et al, 2021; Hu et al, 2021)和3个安徽省新记录种(Chen et al, 2019; Chen et al, 2020; Pei et al, 2021)外, 此次调查还发现皖南地区多个物种出现了较为明显的分化。川西缺齿鼩与GenBank中相似度最高的序列遗传差异达到9.1% (表2), 且在系统发育树上形成了一个稳定的单系群(图2): (Cyt b: UFboot = 96, PP = 1.00; COI: UFboot = 100, PP = 1.00); 青毛巨鼠、赤腹松鼠和华南缺齿鼹与其他地区标本的Cytb遗传差异也达到5%以上, 表明该地区可能仍存在未知的分类单元。
表2 皖南小型兽类标本采集结果及其参照序列信息表
Table 2
| 物种 Species | COI序列数 No. of COI sequence | 参考序列 Reference sequence | 序列物种名 Sequence name | 遗传距离 Genetic distance | Cyt b序列数 No. of Cyt b sequence | 参考序列 Reference sequence | 序列物种名 Sequence name | 遗传距离 Genetic distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 劳亚食虫目 Eulipotyphla | ||||||||
| 鼩鼱科 Soricidae | ||||||||
| 川西缺齿鼩 Chodsigoa hypsibia | 4 | GU981215 | C. hypsibia | 0.077 | 4 | MG462711 | C. hypsibia | 0.091 |
| 安徽麝鼩 Crocidura anhuiensis | 4 | JQ600039 | C. attenuata | 0.033 | 4 | MK546388 | C. anhuiensis | 0.003 |
| 东阳江麝鼩 Crocidura dongyangjiangensis | 3 | NC056167 | C. dongyang- jiangensis | 0.005 | 3 | MN364688 | C. huang- shanensis | 0.004 |
| 台湾灰麝鼩 Crocidura tanakae | 3 | JQ600030 | C. tanakae | 0.000 | 3 | MK881610 | C. tanakae | 0.002 |
| 大麝鼩 Crocidura lasiura | 0 | - | - | - | 1 | MK410312 | C. lasiura | 0.012 |
| 猬科 Erinaceidae | ||||||||
| 东北刺猬 Erinaceus amurensis | 2 | KX964606 | E. amurensis | 0.030 | 2 | KF783125 | E. amurensis | 0.009 |
| 侯氏猬 Mesechinus hughi | - | - | - | - | 1 | HQ857530 | M. hughi | 0.047 |
| 鼹科 Talpidae | ||||||||
| 华南缺齿鼹 Mogera latouchei | 0 | - | - | - | 1 | KT180334 | M. latouchei | 0.066 |
| 啮齿目 Rodentia | ||||||||
| 仓鼠科 Cricetidae | ||||||||
| 福建绒鼠 Eothenomys colurnus | 3 | KY997280 | E. colurnus | 0.033 | 3 | KY997350 | E. colurnus | 0.028 |
| 刺山鼠科 Platacanthomyidae | ||||||||
| 黄山猪尾鼠 Typhlomys huangshanensis | 3 | JF444274 | T. cinereus | 0.113 | 3 | MT219904 | T. huang- shanensis | 0.007 |
| 鼠科 Muridae | ||||||||
| 黑线姬鼠 Apodemus agrarius | 8 | KY851957 | A. agrarius | 0.010 | 8 | HM034878 | A. agrarius | 0.008 |
| 中华姬鼠 Apodemus draco | 3 | MK329660 | A. draco | 0.000 | 3 | MK329521 | A. draco | 0.001 |
| 青毛巨鼠 Berylmys bowersi | 1 | JN105108 | B. bowersi | 0.056 | 1 | HM217477 | B. bowersi | 0.071 |
| 小泡巨鼠 Leopoldamys edwardsi | 5 | KP995208 | L. edwardsi | 0.019 | 5 | KP992508 | L. edwardsi | 0.003 |
| 巢鼠 Micromys minutus | 4 | MT410898 | M. minutus | 0.015 | 4 | AB201990 | M. minutus | 0.009 |
| 红耳巢鼠 Micromys erythrotis | 4 | KF999094 | M. erythrotis | 0.013 | 4 | FJ827492 | M. minutus | 0.009 |
| 海南社鼠 Niviventer lotipes | 6 | MF642488 | N. lotipes | 0.004 | 6 | MT333959 | N. lotipes | 0.009 |
| 华南针毛鼠 Niviventer huang | 6 | KP455488 | N. fulvescens | 0.017 | 5 | KY068832 | N. huang | 0.004 |
| 松鼠科 Sciuridae | ||||||||
| 赤腹松鼠 Callosciurus erythraeus | 0 | - | - | - | 2 | MK256820 | C. erythraeus | 0.058 |
| 珀氏长吻松鼠 Dremomys pernyi | 0 | - | - | - | 1 | KP126039 | D. pernyi | 0.026 |
皖南地区的小型兽类名录中劳亚食虫目物种数量变化最为显著, 由原来记录的4种增加到10种。劳亚食虫目中又以麝鼩属(Crocidura)物种变化最大。相比于《安徽兽类志》, 皖南地区新增了4种麝鼩: 台湾灰麝鼩、安徽麝鼩、东阳江麝鼩和大麝鼩, 删除了2种: 灰麝鼩和北小麝鼩(附录2)。在20世纪北小麝鼩被认为广泛分布于我国西北、东北、华北、华东和西南地区, Jiang和Hoffmann (2001)通过形态学研究认为分布于东北、华北、华东及西南(部分标本)的是山东小麝鼩, 北小麝鼩在安徽并无分布。从体型大小及体色来看, 早期记录于皖南地区的“北小麝鼩” (头体长: 44-65 mm, 颅全长: 17 mm, 背毛棕色, 毛基暗灰色; 王岐山, 1990)很可能为山东小麝鼩(头体长: 51-71 mm, 颅全长: 16.2-17.5 mm, 背毛灰褐色; Jiang & Hoffmann, 2001)或东阳江麝鼩(头体长: 48-61 mm, 颅全长: 15.6-17.2 mm, 背毛灰褐色; 刘洋等, 2020)。另外, 山东小麝鼩与东阳江麝鼩外形十分相似, 早期记录于皖南地区的“山东小麝鼩(北小麝鼩)”很可能包含东阳江麝鼩, 这两个物种在皖南地区的分布需要进一步评估。传统上认为皖南地区分布较为广泛的灰麝鼩在调查中未被记录, 本研究采集的15号相关的标本, 经形态和分子鉴定均为台湾灰麝鼩(3号)和安徽麝鼩(12号)。经与国内研究麝鼩的相关专家交流认为安徽省并不存在灰麝鼩(私人通讯), 早期记录于安徽的灰麝鼩应为台湾灰麝鼩或安徽麝鼩。此外, 经分子分析显示, 皖南地区的川西缺齿鼩、华南缺齿鼹和侯氏猬与其他地区的标本出现了较为明显的分化(图2; 附录2); 新增加的利安德水鼩也是近期提升的一个新种(汪巧云等, 2020)。以上结果提示我们, 皖南地区劳亚食虫目的分类和分布仍存在诸多问题, 需要加大研究力度, 以便尽早摸清其多样性情况。
本次调查没有捕获褐家鼠(Rattus norvegicus)、小家鼠(Mus musculus)和东方田鼠(Alexandromys fortis)等历史上有分布记录的啮齿目动物(表3)。究其原因, 可能因为本次调查主要在山地森林等人为活动较少的区域内开展, 较少涉及城镇、乡村、农田和农舍等生境, 因而未捕获到这些与人类伴生的物种。今后调查需给予这些生境以更多的关注。此外, 倭花鼠和红颊长吻松鼠(Dremomys rufigenis)既未采集到标本, 也未观察到野外实体, 暗示这些生物在皖南地区的种群量可能较少, 为地区稀有种。
表3 本次调查未记录的但收录在《安徽兽类志》中的物种。ND: 无分布; NF: 未发现; NI: 未调查。
Table 3
| 物种 Species | 未记录原因 Unrecorded reasons | 物种 Species | 未记录原因 Unrecorded reasons | ||
|---|---|---|---|---|---|
| 劳亚食虫目 Eulipotyphla 鼩鼱科 Soricidae | 仓鼠属 Cricetulus | 黑线仓鼠 C. barabensis | 未调查 NI | ||
| 麝鼩属 Crocidura | 北小麝鼩 C. suaveolens, 灰麝鼩 C. attenuata | 无分布 ND | 大仓鼠属 Tscherskia | 大仓鼠 T. triton | 未发现 NF |
| 啮齿目 Rodentia | 东方田鼠属 Alexandromys | 东方田鼠 A. fortis | 未调查 NI | ||
| 松鼠科 Sciuridae | 家鼠属 Rattus | 大足鼠 R. nitidus, 褐家鼠 R. norvegicus | 未调查 NI | ||
| 长吻松鼠属 Dremomys | 红颊长吻松鼠 D. rufigenis | 未发现 NF | 小家鼠属 Mus | 小家鼠 M. musculus | 未调查 NI |
| 岩松鼠属 Sciurotamias | 岩松鼠 S. davidianus | 未发现 NF | 豪猪科 Hystricidae | ||
| 花松鼠属 Tamiops | 倭花鼠 T. maritimus | 未发现 NF | 豪猪属 Hystrix | 马来豪猪 | 未发现 NF |
| 仓鼠科 Cricetidae | H. brachyura |
华东地区动植物资源丰富, 存在大量的地区特有种。但目前我国小型兽类调查主要集中在西南地区(廖锐等, 2015; 何瑞峰等, 2017; 宋文宇等, 2021), 华东地区的小型兽类研究较为滞后, 武夷山地区、浙江西南天目山等重要区域的小型兽类本底信息仍缺乏研究。特别是近期有研究表明分布于华东地区的猪尾鼠(Hu et al, 2021)和小泡巨鼠(Leopoldamys edwardsi) (Li et al, 2019)已发生种级的分化, 以及东阳江麝鼩和安徽麝鼩新种与侯氏猬、台湾灰麝鼩和红耳巢鼠新记录种的发现, 说明华东地区小型兽类多样性仍被低估。同时, 华东地区迅猛的城市化和工业化进程对生物多样性造成了极大的影响, 因此开展该地区小型兽类的专项调查研究十分必要。关于物种在华东及周边地区的迁移、扩散和分化研究以及更新世的影响更是少见报道, 导致我国小型兽类物种分布和分类等研究的不完整性。加强华东地区小型兽类多样性研究, 对我国的兽类多样性研究具有重要意义。
致谢
本研究得到了安徽清凉峰国家级自然保护区管理局、皖南各自然保护区的大力支持; 安徽师范大学邵剑文教授为本研究提供了台湾灰麝鼩和华南缺齿鼹的标本; 唐肖凡、唐宏谊、胡文豪、普仕东和普仕春参与了部分野外采样, 在此一并感谢！
附录 Supplementary Material
附录1 安徽省皖南地区小型兽类物种名录
Appendix 1 List of small mammal species in southern Anhui
附录2 几种遗传差异较大物种的Cyt b遗传距离
Appendix 2 The genetic distance of mitochondrial gene Cyt b of several species with large genetic differences
参考文献
Discussion of taxonomic status of Crocidura dongyangjiangensis Liu Y, Chen SD, and Liu SY, 2020 and Crocidura huangshanensis Yang, BW Zhang and Li, 2020
东阳江麝鼩与黄山小麝鼩分类地位商榷
Discovery of Crocidura tanakae (Mammalia: Soricidae) in Huangshan and Xuancheng, Anhui Province
安徽黄山和宣城发现台湾灰麝鼩
First record of genus Mesechinus Mammalia Erinaceidae in Anhui Province, China-Mesechinus hughi
安徽省兽类一属和种新纪录--侯氏猬
Investigation on the small mammal species of Milin County of Tibet
西藏自治区米林县小型兽类种类调查
Molecular and morphological evidence for a new species of the genus Typhlomys (Rodentia: Platacanthomyidae)
Investigation of mammals and geographical division of Anhui
安徽省哺乳动物调查和地理区划
A revision of the white-toothed shrews (Crocidura) of Southern China
DOI:10.1644/1545-1542(2001)082<1059:AROTWT>2.0.CO;2 URL [本文引用: 2]
Red List of China’s Vertebrates
中国脊椎动物红色名录
Research advance on the fauna and diversity of small mammals in Yunnan Province
云南省小型兽类区系与多样性的研究概况
Molecular phylogeographic analyses and species delimitations reveal that Leopoldamys edwardsi (Rodentia: Muridae) is a species complex
DOI:10.1111/1749-4877.12378 URL [本文引用: 1]
Biodiversity of small mammals in Medog County, Tibet of China
西藏墨脱县小型兽类多样性研究
Mammal resource status in the mountain forest ecosystems of Southern Anhui Province based on camera trap data
DOI:10.17520/biods.2017031
[本文引用: 1]
To examine the diversity and abundance of mammals in the mountain forest ecosystems of southern mountainous areas in Anhui Province, a total of 121 cameras were installed at eight sample plots including two national and five provincial nature reserves and the Huangshan Mountain Scenic Area between July 2013 and October 2015. In total, 6,375 trap days and 1,361 effective independent photographs were collected. 19 species belonging to 5 orders and 12 families were recorded. The first five species of photographic rate and relative abundance index were Muntiacus reevesi, Sus scrofa, Macaca thibetana, Callosciurus erythraeus, and Arctonyx collaris. Except Macaca thibetana, the other four species among the five and Paguma larvata were widely distributed in mountainous areas of south Anhui Province. For those species under special state protection, the relative abundance index of Macaca mulatta was nearly two fifths of Macaca thibetana; the relative abundance index of Muntiacus crinifrons was nearly one fifth of Muntiacus reevesi; Martes flavigula and Capricornis sumatraensis was about one fourth of Muntiacus crinifrons. The relative abundance index of Ursus thibetanus was minimal among these recorded species. Compared to historical records collected thirty years ago, Ursus thibetanus was the sole large species in Carnivora captured by camera traps in this study, which indicates that the top predators, including Panthera pardus, Neofelis nebulosa, Canis lupus and Cuon alpines, were extremely sparse or had vanished from this area. As a result, the vegetarian Muntiacus reevesi and omnivorous Sus scrofa had the highest abundance amongst those mammals in this area. Correlation analysis with generalized linear models indicated that the number of species captured by infrared cameras positively correlated with the surveyed area (z = 2.04, P = 0.04) and effective independent photographs (z = 2.10, P = 0.04), while it did not associate with effective camera sites (z = 1.63, P = 0.10) and total trap days (z = 1.85, P = 0.06). Results of this study provide baseline data for a follow-up to the dynamic monitoring, protection and management of key national protected mammals.
基于红外相机技术的皖南山区森林生态系统兽类资源现状
DOI:10.17520/biods.2017031
[本文引用: 1]
皖南山区是安徽省陆生脊椎动物资源最丰富的动物地理区域, 为获得该区域森林生态系统中兽类资源的概况, 本研究于2013年7月至2015年10月利用红外相机技术对该区8个省级以上自然保护区(或风景名胜区)的兽类资源进行调查, 并通过与文献记录进行比较, 分析该区兽类资源的变化趋势及其原因。本研究共布设了121个相机位点, 其中有效相机位点109个, 累计6,375个相机工作日, 共获得兽类有效独立照片1,361张, 鉴定兽类5目12科19种。拍摄率和相对丰富度较高的前5种依次为小麂(Muntiacus reevesi)、野猪(Sus scrofa)、藏酋猴(Macaca thibetana)、赤腹松鼠(Callosciurus erythraeus)和猪獾(Arctonyx collaris), 除藏酋猴外, 其他4种以及果子狸(Paguma larvata)在皖南山区广泛分布。就所监测到的国家重点保护动物而言, 猕猴(Macaca mulatta)的相对丰富度约为藏酋猴的2/5, 黑麂(Muntiacus crinifrons)约为小麂的1/5, 黄喉貂(Martes flavigula)和中华鬣羚(Capricornis milneedwardsii)均不到黑麂的1/4, 而黑熊(Ursus thibetanus)在所监测到的兽类中相对丰富度最低。与30多年前的历史记录相比, 除黑熊外, 大中型食肉目动物无一拍摄记录, 暗示皖南山区森林生态系统中的豹(Panthera pardus)、云豹(Neofelis nebulosa)、狼(Canis lupus)等顶级捕食者已极其稀少, 或已消失, 而草食性的小麂和杂食性的野猪成为该区相对丰富度最高的前两种兽类。广义线性模型(generalized linear model)分析结果显示, 在2个月的监测时间内, 红外相机捕获的物种数与调查区域面积(z = 2.04, P = 0.04)和有效独立照片数(z = 2.10, P = 0.04)呈正相关, 而与有效相机位点数(z = 1.63, P = 0.10)以及相机工作日(z = 1.85, P = 0.06)无显著相关性。本研究结果客观地反映出皖南山区森林生态系统大中型兽类资源现状, 为后续针对国家重点保护兽类开展动态监测以及保护和管理提供了基础资料。
Molecular phylogeny and taxonomy of subgenus Eothenomys (Cricetidae: Arvicolinae: Eothenomys) with the description of four new species from Sichuan, China
DOI:10.1093/zoolinnean/zly071 URL [本文引用: 1]
A new species of the genus Crocidura (Mammalia: Eulipotyphla: Soricidae) from Mount Huang, China
Discussion on the taxonomy and distribution of the Micromys (Dehne, 1855) in China
中国巢鼠属分类与分布的讨论
Multi-dimensional evaluation of small mammal diversity in tree line habitats across the Three Parallel Rivers of Yunnan Protected Areas: Implications for conservation
DOI:10.17520/biods.2021006 URL [本文引用: 1]
三江并流区树线生境小型兽类多样性多维度评价及其保护启示
DOI:10.17520/biods.2021006
[本文引用: 1]
三江并流区具有极高的环境异质性和丰富的生物多样性, 树线以上的高山生境是该地区的核心景观之一。本研究拟通过物种、系统发育和功能多样性对高山小型兽类多样性进行评价, 并从保护生物学的角度讨论生物多样性多维度评价的意义。2013年9月至2018年11月对三江并流区树线区域展开规范化野外调查, 收集小型兽类群落信息。从野外采集的组织样品中提取、扩增、测定线粒体CYTB基因序列, 构建小型兽类物种系统发育树。通过α多样性的不同维度以及功能冗余度评价了三江并流区树线生境小型兽类多样性。结果显示, 使用不同数据类型(出现/缺失数据和多度数据)的结果并不一致, 说明仅使用传统的丰富度指数对于描述多样性分布存在较大局限。物种和系统发育多样性在不同地点间的分布相似, 但功能多样性的分布与这两者有所差异, 从另一角度说明综合评价生物多样性的不同维度对于全面保护演化历史和生态功能的必要性。与高黎贡山、云岭相比较, 怒山山脉在5个样带尺度的多样性指数上呈现最高水平, 且具有最低的功能冗余度, 说明怒山的研究和保护力度均亟待加强。
An investigation of birds and mammals of Huangshan in Anhui Province
安徽黄山的鸟兽资源调查报告
Discussed and revised geographical distribution of Chimarrogale leander in China
利安德水鼩在中国地理分布范围的讨论与修订
Distribution patterns and species diversity of mammals in Anhui Province
安徽省兽类物种多样性及其分布格局
Catalogue of mammals in China (2021)
中国兽类名录(2021版)
PhyloSuite: An integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies
DOI:10.1111/1755-0998.13096
PMID:31599058
[本文引用: 1]
Multigene and genomic data sets have become commonplace in the field of phylogenetics, but many existing tools are not designed for such data sets, which often makes the analysis time-consuming and tedious. Here, we present PhyloSuite, a (cross-platform, open-source, stand-alone Python graphical user interface) user-friendly workflow desktop platform dedicated to streamlining molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies. It uses a plugin-based system that integrates several phylogenetic and bioinformatic tools, thereby streamlining the entire procedure, from data acquisition to phylogenetic tree annotation (in combination with iTOL). It has the following features: (a) point-and-click and drag-and-drop graphical user interface; (b) a workplace to manage and organize molecular sequence data and results of analyses; (c) GenBank entry extraction and comparative statistics; and (d) a phylogenetic workflow with batch processing capability, comprising sequence alignment (mafft and macse), alignment optimization (trimAl, HmmCleaner and Gblocks), data set concatenation, best partitioning scheme and best evolutionary model selection (PartitionFinder and modelfinder), and phylogenetic inference (MrBayes and iq-tree). PhyloSuite is designed for both beginners and experienced researchers, allowing the former to quick-start their way into phylogenetic analysis, and the latter to conduct, store and manage their work in a streamlined way, and spend more time investigating scientific questions instead of wasting it on transferring files from one software program to another.© 2019 John Wiley & Sons Ltd.
A new species of the genus Crocidura from China based on molecular and morphological data (Eulipotyphla: Soricidae)
