小檗科鬼臼亚科多样性格局的演化历史和成因 生物多样性    2023, 31 (7): 23100-.   DOI: 10.17520/biods.2023100

表1 本研究新采集的淫羊藿属信息及上传至GenBank的序列号

正文中引用本图/表的段落

采用野外考察和已发表序列相结合的方式进行取样, 其中, 在野外采集淫羊藿属6个物种, 在英国邱园获得淫羊藿属4个物种(表1)。其他物种的叶绿体基因组序列从NCBI下载(附录1), 对于一个物种有多条序列的情况, 选择策略见附录2, 选择小檗科的南天竹(Nandina domestica, NC_008336)、阔叶十大功劳(Mahonia bealei, NC_022457)、阿里山十大功劳(M. oiwakensis, NC_053535)、细叶十大功劳(M. fortunei, NC_042167)、峨眉十大功劳(M. polyodonta, NC_066195)、异小檗(Alloberberis fremontii, MT335778)、摩伦木(Moranothamnus claireae, MT335800)、兰山草(Ranzania japonica, NC_039677)、囊果草(Leontice incerta, NC_043927)、红毛七(Caulophyllum robustum, NC_042221)和江南牡丹草(Gymnospermium kiangnanense, NC_041670)作为外类群。利用CTAB法进行DNA提取(Doyle & Doyle, 1987), 在Illumina NovaSeq 6000平台浅层测序, 在软件GetOrganelle (Jin et al, 2020)的默认参数下对测序返回数据进行组装, 并在软件Bandage (Wick et al, 2015)中检查序列是否成环, 手动拼接无法自动成环的叶绿体基因组后, 利用GeSeq (Tillich et al, 2017)进行注释, 最终获得72个鬼臼亚科物种和1个变种的叶绿体基因组, 占分类群总数的82%。

本文的其它图/表

• 图1 鬼臼亚科不同属的分布及花的形态多样性。(A)裸花草属, Walter Siegmund摄, CC BY-SA 3.0; (B)折瓣花属, Walter Siegmund摄, CC BY-SA 3.0; (C)北美桃儿七属, Wasrts摄, CC BY-SA 4.0; (D)山荷叶属, 游旨价摄; (E)二叶鲜黄连属, Krzysztof Ziarnek摄, CC BY-SA 4.0; (F)山槐叶属, Ori Fragman-Sapir摄, CC BY-SA 3.0; (G)桃儿七属, 游旨价摄; (H)鬼臼属, Cathy DeWitt摄, CC BY 4.0; (I)淫羊藿属, 游旨价摄; (J)鲜黄连属, Krzysztof Ziarnek摄, CC BY-SA 4.0。地图来自 https://vemaps.com。
  
• 表2 隐藏状态物种形成和灭绝分析使用的模型
  
• 图2 鬼臼亚科系统关系(中文名称见附录1)。(a)和(b)分别为基于最大似然法和贝叶斯方法推断的拓扑结构, 节点处标出了小于100的自展值和小于1.00的后验概率。
  
• 图3 鬼臼亚科的多样化历史。(a)鬼臼亚科分化时间树(节点处蓝色条带代表95%置信区间内的年龄范围), 以及用于HiSSE分析的4个形态性状和1个生境信息分布。其中, A表示有无蜜距(粉色为是, 灰色为否), B表示是否分布于东亚亚热带(绿色为是, 灰色为否), C表示果实类型(灰蓝色为干果, 灰色为浆果), D表示是否有假种皮(浅蓝色为是, 灰色为否), E表示是否有气生茎(深蓝色为是, 灰色为否)。(b)基于BAMM分析的鬼臼亚科的净多样化速率。(c)基于BAMM分析的淫羊藿属距长演化速率。(d)净多样化速率在系统树的分布。中文名称见附录1。
  
• 表3 HiSSE分析模型检测和各性状状态速率结果
  
• 图4 基于二态性状进行多样化速率推断的HiSSE分析结果。(a)?(e)依次为对于是否有距, 是否分布在东亚亚热带, 是否有假种皮, 是否有气生茎和果实类型等性状状态下, HiSSE所推断最优模型下的分化、成种和灭绝速率。
  
• 图5 基于定量性状进行多样化速率推断的QuaSSE分析结果: 距长-净多样化速率的分布, 最优模型为modal。图例从左到右分别显示单峰模型、逻辑斯蒂模型和线性模型, 上边一行有漂移率, 下边一行没有漂移率。