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利用SRAP分析核盘菌遗传多样性
生物多样性
2010, 18 (5):
509-515.
DOI: 10.3724/SP.J.1003.2010.509
核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是危害油菜等多种经济作物的重要病原真菌。研究不同地区、相同或不同寄主核盘菌的遗传多样性对了解核盘菌的遗传演化过程和指导病害防控具有重要意义。我们采用序列相关扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism, SRAP)标记对不同地理来源、不同寄主来源的76个核盘菌菌株的遗传多样性进行了分析。7对SRAP引物共获得260个位点, 其中114个为多态位点, 占43.85%。UPGMA聚类结果显示, 在相似性系数为0.64时, 76个核盘菌菌株分为4个组, 每组包含的菌株数分别为54、18、2和2。聚类及主成分分析结果显示, 来源于春油菜生态区和冬油菜生态区油菜上的核盘菌菌株可以明显分为两簇, 而油菜、大豆、莴苣等不同寄主植物上的核盘菌菌株没有明显的遗传分化。分子变异分析(AMOVA)结果显示, 不同地理来源、不同油菜生态区和不同寄主来源的核盘菌群体内的变异率分别为75.2%、81.2%和97.6%, 均达到极显著水平(P<0.001); 不同地理来源和不同油菜生态区的核盘菌群体间的变异率分别为24.8%和18.8%, 也达到极显著水平(P<0.001); 不同寄主来源的核盘菌群体间的变异率仅为2.4%, 变异不显著(P = 0.8673)。研究结果表明, 来源于春油菜生态区的核盘菌的遗传多样性高于冬油菜生态区。  View image in article
图1
76个核盘菌菌株的UPGMA聚类图(基于500次重复运算的大于50%的Bootstrap值在图中列出。W: 来源于冬油菜生态区; S: 来源于春油菜生态区)
正文中引用本图/表的段落
用NTSYS-PC软件包中的UPGMA聚类法构建76个核盘菌菌株的聚类树状图(图1)。从图1可以看出, 在相似性系数为0.64时, 所有菌株分为4个组(I、II、III、IV)。组I共52个菌株, 分别来源于油菜(Brassica napus)、小白菜(B. campestris)、芫荽(Coriandrum sativum)、蚕豆(Vicia faba)、大豆(Glycine max)、红豆(Vigna angularis)、烟草(Nicotiana tabacum)、萝卜(Raphanus sativus)、莴苣(Lactvca saiva), 除43和62号菌株来源于春油菜生态区外, 其他都来源于冬油菜生态区; 组II由18个菌株组成, 国外来源的有13个, 寄主包括油菜、大豆、莴苣, 除57号菌株来源于英国冬油菜生态区外, 其他的都来源于春油菜生态区; 组III由2个菌株组成, 来源于挪威(春油菜生态区), 它们在所有76个菌株中遗传距离最近; 组IV由2个菌株组成, 其寄主为莴苣。
聚类图(图1)还显示, 除相同寄主植物种类的核盘菌优先聚在一起外, 不同寄主植物种类的菌株也优先聚在了一起, 如33与35、71与75号菌株, 它们的寄主植物种类不同, 但亲缘关系较近, 并且bootstrap值都为100, 说明不同寄主上的核盘菌菌株没有明显的遗传分化。寄主的生态区类型随着核盘菌菌株聚类而呈现明显的分组趋势, 来源于春油菜生态区和来源于冬油菜生态区的核盘菌菌株明显划分两个簇, 说明寄主的生态类型影响核盘菌的遗传分化。
本文的其它图/表
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