生物多样性 ›› 2000, Vol. 08 ›› Issue (2): 238-240.

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一个实用的群体遗传学分析软件包——GENEPOP 3.1版

刘俊娥,乔传令,侯鑫   

  1. (中国科学院动物研究所,  北京 100080)
    (中国科学院植物研究所系统与进化植物学开放研究实验室,  北京 100093)
  • 收稿日期:1999-03-15 修回日期:1999-10-12 出版日期:2000-05-20 发布日期:2000-05-20
  • 通讯作者: 1999-03-15

A useful population genetics software package—GENEPOP (Version 3.1)

LIU Jun-Er,QIAO Chuan-Ling,HOU Xin   

  1. 1) Institute of Zoology , Chinese Academy of Sciences , Beijing  100080
    2) Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany , Institute of Botany , Chinese Academy of Sciences , Beijing  100093
  • Received:1999-03-15 Revised:1999-10-12 Online:2000-05-20 Published:2000-05-20
  • Contact: 1999-10-12

摘要: GENEPOP是一个非常实用的群体遗传学分析软件包,适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。它主要有以下3个方面的用途:1)进行正合检验,如对哈迪_温伯格平衡、种群差异和位点间的连锁不平衡进行检验;2)估算经典的群体遗传学参数,如Fst和其它相关指数及基因频率等;3)可把GENEPOP的输入文件转换为其它常用的群体遗传学分析软件包(如BIOSYS、FSTAT和LINKDOS)所要求的输入文件格式。与软件BIOSYS相比,它在所用的统计学检验方法、适用的群体遗传学研究数据类型及输入文件等方面具有一定的优点。

AbstractGENEPOP is a software package used to analyse data of population genetics. It is able to perform three major tasks , i. e. , exact test for Hardy-Weinberg equilibrium , population differentiation and genotypic disequilibrium among pairs of loci , estimation of classical population parameters , such as Fst and other correlations , allele frequencies , etc. , convering the input GENEPOP files to formats used by other programs , like BIOSYS, FSTAT and L INKDOS. It has some advantages over other population genetics software such as BIOSYS in statistics test , data type and input files.