基于环境DNA宏条形码的无脊椎动物多样性研究: 生物信息学流程比较与评估 生物多样性    2026, 34 (1): 25369-.   DOI: 10.17520/biods.2025369

图7 不同处理流程检测出的属于主要无脊椎动物目的MOTU数量。仅显示各流程中MOTU数量排名前十位的目。

正文中引用本图/表的段落

12种处理流程检测出的不同无脊椎动物目的分类多样性存在一定差异, 该差异在不同分类分配方法间更明显(图7)。在使用BOLDigger的流程中, 检测出的MOTU数量排名前十位的目共包括852-1,472个MOTU; 在使用BLASTN的流程中, 检测出的前十位的目共包括593-1013个MOTU; 而在使用Bayesian的流程中, 检测出的前十位无脊椎动物目仅包括128-201个MOTU。具体而言, 在使用UPARSE的处理流程中, BOLDigger检测出的MOTU数量排名前五的无脊椎动物目为双翅目(Diptera, 20.4%)、鞘翅目(Coleoptera, 8.1%)、膜翅目(Hymenoptera, 7.9%)、游泳目(Ploima, 5.5%)和鳞翅目(Lepidoptera, 5.2%), BLASTN检测出的排名前五的目为双翅目(20.8%)、鞘翅目(12.0%)、膜翅目(10.8%)、游泳目(5.7%)和半翅目(Hemiptera, 5.0%), 而Bayesian检测出的排名前五的目为游泳目(2.9%)、双翅目(2.6%)、膜翅目(0.6%)、鳞翅目(0.6%)和管蚓目(Tubificida, 0.6%)。在使用Swarm和UNOISE的处理流程中, BOLDigger、BLASTN和Bayesian检测出的排名前五的无脊椎动物目与UPARSE相同。在使用DADA2的处理流程中, BOLDigger和BLASTN检测出的排名前五的目与UPARSE相同, 而Bayesian检测出的排名前五的目分别为游泳目(3.0%)、双翅目(1.9%)、管蚓目(0.4%)、蜉蝣目(Ephemeroptera, 0.3%)和膜翅目(0.3%)。

本文的其它图/表

• 图1 本研究12种序列数据处理流程的具体步骤和命令
  
• 图2 不同处理流程检测出的无脊椎动物MOTU的稀疏曲线。每条曲线代表一个PCR产物。
  
• 表1 12种处理流程获得的无脊椎动物MOTU和reads以及分类覆盖度。此处分类覆盖度指不同流程的产出结果在各分类水平上的覆盖广度。
  
• 图3 不同聚类或降噪方法检测出的无脊椎动物MOTU数量(A)以及不同聚类或降噪方法共同检测出的MOTU在不同分类分配方法间比较(B)的韦恩图
  
• 图4 不同处理流程检测出的无脊椎动物MOTU的分类分辨率。此处分类分辨率指不同流程鉴定结果的分类精度。
  
• 图5 不同聚类或降噪方法检测出的无脊椎动物目数量的韦恩图
  
• 图6 不同分类分配方法检测出的无脊椎动物目数量的韦恩图
  
• 图8 基于Jaccard相异性指数对不同处理流程检测出的无脊椎动物MOTU进行的PCoA分析。形状和颜色均相同的符号对应河流和湖泊eDNA样品的结果。