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刘彬彬
副研究员
中国科学院青年创新促进会会员
植物多样性与特色经济作物全国重点实验室
中国科学院植物研究所 / 国家植物园
北京市海淀区香山南辛村20号
liubinbin@ibcas.ac.cn; bbliu0536@gmail.com
个人主页：http://www.lseb.cn/rcpy/dsjj/sd/lbb/
个人简介
2017年在中国科学院植物研究所获植物学专业博士学位，并于2018年至2022年前往美国史密森研究院（Smithsonian Institution）国家自然历史博物馆进行博士后交流访学。2022年3月以副研究员受聘于中国科学院植物研究所 / 国家植物园•植物多样性与特色经济作物全国重点实验室，开展基于生物信息学（系统发育基因组学）和人工智能（机器学习）技术的植物多样性及网状进化机制研究。目前以第一作者在Journal of Integrative Plant Biology，Molecular Phylogenetics and Evolution，Journal of Systematics and Evolution，Taxon等学科主流期刊发表文章23篇，并在新西兰的Magnolia Press出版专著1本。为Molecular Biology and Evolution、The Innovation、Molecular Phylogenetics and Evolution等业内专业杂志审稿40余次。深度基因组测序技术（Deep Genome Skimming, DGS）开发者；系统发育基因组学与机器学习公众号创始人；中国科学院青年创新促进会会员（2023）；在中国科学院植物研究所组建PhyloAI创新团队。
主要通过以下四个方向的研究探索世界蔷薇科植物的系统发育、进化以及多样性。1、使用系统发育基因组学（phylogenomics）的手段构建蔷薇科各个类群的系统发育框架；2、以蔷薇科为案例探讨网状进化（杂交、多倍化、不完全谱系分选、基因渐渗以及无融合生殖等）在驱动植物多样性中的作用；3、使用人工智能（AI）中深度学习（deep learning）的手段探索标本馆/博物馆馆藏的标本在植物系统学与分类学中的应用；4、利用整合系统学的手段，综合多学科的证据（植物系统学、植物分类学、基因组学、生态学、古植物学、生物信息学以及生物地理学等）进行蔷薇科各个类群的物种划分工作，并完成业界同行认可的专著性研究。
ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Bin-Bin-Liu
Web Of Science (Publons): https://webofscience.clarivate.cn/wos/author/record/11226961
Google scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=-YNEVpIAAAAJ
教育经历
中国科学院植物研究所（2013-2017）
学位：博士；专业：植物学；研究领域：蔷薇科植物分类
浙江农林大学（2010-2013）
学位：硕士；专业：园林植物与观赏园艺；研究领域：植物区系地理
青岛农业大学（2006-2010）
学位：学士；专业：园林；研究领域：植物解剖学
工作经历
中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室（2022.03-至今）
副研究员；研究方向：蔷薇科植物的分类与进化
美国史密森研究院国家自然历史博物馆植物系（2022.01-至今）
Research Associate（研究助理）；研究方向：蔷薇科系统发育基因组学与机器学习
美国史密森研究院国家自然历史博物馆植物系（2018.10-2021.12）
访问学者；研究方向：蔷薇科苹果族的系统发育基因组学与生物地理
中国科学院植物研究所系统与进化植物学国家重点实验室（2019.10-2022.03）
特别研究助理；研究方向：蔷薇科苹果族的系统发育基因组学与生物地理
中国科学院植物研究所植被与环境变化国家重点实验室（2016.12-2022.03）
博士后；研究方向：蔷薇科落叶石楠属的系统发育基因组学
主要成绩
本人开发了深度基因组测序（Deep Genome Skimming DGS）技术，这项技术直接推动了中国植物系统学的研究从叶绿体基因组向大量（几百甚至数千）核基因的转变（Liu et al., 2021）。这项技术彻底打破了美国等西方发达国家在Hyb-Seq上对中国等发展中国家的封锁，意味着中国等发展中国家的植物系统学工作者也可以开展核基因组层面的工作。接下来我们可以追赶甚至领跑世界核基因组层面的系统学研究。
获取数据的目的是为了更好利用数据解决进化与分类的问题。我们在最近的工作中又开发了一套从核基因数据组装、系统发育和冲突分析以及生物地理分析等一系列的流程（Liu et al., 2022）。这为业界利用核基因解决进化和分类的问题提供了保障。
我们团队利用浅层基因组测序和深度基因组测序技术解决了一系列蔷薇科系统与进化的问题。
正在承担的国家基金项目
· 国家自然科学基金青年科学基金项目，基于二代与三代测序技术对网状进化背景下苹果属（蔷薇科）复合体的系统学研究，2021.01-2023.12，24万元，主持；
· 国家自然科学基金委面上项目，综合深度基因组测序和机器学习技术揭示蔷薇科苹果族的网状进化与属间关系，2023.01-2026.12，54万元，主持；
· 中国科学院青年创新促进会会员（会员编号：2023086），2023-2026，80万元，主持；
· 福建梅花山国家级自然保护区管理局，梅花山自然保护区蕨类植物资源和多样性调查，2022.11-2024.10，23万元，主持；
· 浙江农林大学，基于DNA条形码技术的维管植物分子鉴定，2023.12-2024.12，19万元，主持。
已发表文章（包含专著）
#代表共同一作 *代表通讯作者
2024年
1. Jin ZT#, Ma DK#, Liu GN#, Hodel RGJ, Jiang Y, Ge BJ, Liao S, Duan L, Ren C, Xu C, Wu J*, Liu BB*. 2023. Advancing Pyrus phylogeny: Deep genome skimming-based inference coupled with paralogy analysis yields a robust phylogenetic backbone and an updated infrageneric classification of the pear genus (Maleae, Rosaceae) Taxon. https://doi.org/10.1002/tax.13163 (IF: 3.4; IF5-year: 3.4)
2023年
2. Liu GN#, Ma DK#, Zhang Y#, Hodel RGJ, Xie SY, Wang H, Jin ZT, Li FX, Jin SH, Zhao L, Xu C, Wei Y*, Liu BB*. 2023. Phylogenomic analyses support a new infrageneric classification of Pourthiaea (Maleae, Rosaceae) using multiple inference methods and extensive taxon sampling. Taxon 72: 1285-1302. (IF: 3.4; IF5-year: 3.4)
3. Liu GN#, Ma DK#, Xu C, Huang J, Ge BJ, Luo Q, Wei Y*, Liu BB*. 2023. Malus includes Docynia (Maleae, Rosaceae): Evidence from phylogenomics and morphology. PhytoKeys 229: 47-60. (IF: 1.4; IF5-year: 1.5)
4. Jin ZT#, Hodel RGJ#, Ma DK#, Wang H, Liu GN, Ren C, Ge BJ, Fan Q, Jin SH, Xu C, Wu J, Liu BB*. 2023. Nightmare or delight: Taxonomic circumscription meets reticulate evolution in the phylogenomic era. Molecular Phylogenetics and Evolution: 107914. (IF: 4.1; IF5-year: 4.0)
5. Xue TT, Janssens SB*, Liu BB*, Yu SX*. 2023. Phylogenomic conflict analyses of the plastid and mitochondrial genomes via deep genome skimming highlight their independent evolutionary histories: A case study in the cinquefoil genus Potentilla sensu lato (Potentilleae, Rosaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution: 107956. (IF: 4.1; IF5-year: 4.0)
6. Duan L*, Han LN, Liu BB, Leostrin A, Harris A, Wang L, Arslan E, Ertuğrul K, Knyazev M, Hantemirova E, Wen J*, Chen HF*. 2023. Species delimitation of the liquorice tribe (leguminosae: Glycyrrhizeae) based on phylogenomic and machine learning analyses. Journal of Systematics and Evolution 61: 22-41. (IF: 3.7; IF5-year: 4.280)
2022年
7. Liu BB, Ren C, Kwak M, Hodel RGJ, Xu C, He J, Zhou WB, Huang CH, Ma H, Qian GZ, Hong DY*, Wen J*. 2022. Phylogenomic analyses in the apple genus Malus s.l. reveal widespread hybridization and allopolyploidy driving the diversifications, with insights into the complex biogeographic history in the Northern Hemisphere. Journal of Integrative Plant Biology 64(5): 1020-1043 (IF: 11.4; IF5-year: 10.1)
8. Sun MY#, Zhang MY#, Chen XN, Liu YY, Liu BB, Li J, Wang R, Zhao K, Wu J*. 2022. Rearrangement and domestication as drivers of Rosaceae mitogenome plasticity. BMC Biology 20: 1-19. (IF: 5.4; IF5-year: 7.1)
9. Hodel RGJ*, Zimmer EA, Liu BB, Wen J. 2022. Synthesis of nuclear and chloroplast data combined with network analyses supports the polyploid origin of the apple tribe and the hybrid origin of the Maleae-Gillenieae clade. Frontiers in Plant Science 12: 820997. (IF: 5.6; IF5-year: 6.8)
10. Lou YL#, Ma DK#, Jin ZT, Wang H, Lou LH, Jin SH, Liu K*, Liu BB*. 2022a. Phylogenomic and morphological evidence reveal a new species of spider lily, Lycoris longifolia (amaryllidaceae) from china. PhytoKeys 210: 79-92. (IF: 1.4; IF5-year: 1.5)
11. Lou YL#, Jin ZT#, Ma DK, Liu BB*. 2022b. A comprehensive checklist of the deciduous photinia genus Pourthiaea (Maleae, Rosaceae), with emphasis on their validity and typification. PhytoKeys 202: 1-33. (IF: 1.4; IF5-year: 1.5)
2021年
12. Su N#, Liu BB#, Wang JR#, Tong RC, Ren C, Chang ZY, Zhao L*, Potter D, Wen J. 2021. On the species delimitation of the Maddenia group of Prunus (Rosaceae): Evidence from plastome and nuclear sequences and morphology. Frontiers in Plant Science 12: 743643. (IF: 6.627; IF5-year: 7.255)
13. Liu BB, Ma ZY, Ren C, Hodel RGJ, Sun M, Liu XQ, Liu GN, Hong DY, Zimmer EA, Wen J*. 2021. Capturing single-copy nuclear genes, organellar genomes, and nuclear ribosomal DNA from deep genome skimming data for plant phylogenetics: A case study in Vitaceae. Journal of Systematics and Evolution 59: 1124-1138. (IF: 3.544; IF5-year: 4.280)
2020年
14. Liu BB#, Liu GN#, Hong DY, Wen J*. 2020a. Eriobotrya belongs to Rhaphiolepis (Maleae, Rosaceae): Evidence from chloroplast genome and nuclear ribosomal DNA data. Frontiers in Plant Science 10: 1731. (IF: 5.754; IF5-year: 6.612)
15. Liu BB, Campbell CS, Hong DY, Wen J*. 2020b. Phylogenetic relationships and chloroplast capture in the Amelanchier-Malacomeles-Peraphyllum clade (Maleae, Rosaceae): Evidence from chloroplast genome and nuclear ribosomal DNA data using genome skimming. Molecular Phylogenetics and Evolution 147: 106784. (IF: 4.286; IF5-year: 4.492)
16. Wang YB#, Liu BB#, Nie ZL, Chen HF, Chen FJ, Figlar RB, Wen J*. 2020. Major clades and a revised classification of Magnolia and Magnoliaceae based on whole plastid genome sequences via genome skimming. Journal of Systematics and Evolution 58(5): 673-695. (IF: 4.098; IF5-year: 4.735)
17. Wen J*, Herron SA, Yang X, Liu BB, Zuo Y, Harris AJ, Johnson G, Zimmer EA, Kalburgi Y. 2020. Nuclear and chloroplast sequences resolve the enigmatic origin of the concord grape. Frontiers in Plant Science 11: 263. (IF: 5.754; IF5-year: 6.612)
18. Liu BB#, Wang YB#, Hong DY, Wen J*. 2020c. A synopsis of the expanded Rhaphiolepis (Maleae, Rosaceae). PhytoKeys 154: 19-55. (IF: 1.635; IF5-year: 1.667)
19. Liu BB#, Liu GN#, Hong DY, Wen J. 2020d*. Typification of 23 names in Eriobotrya (Maleae, Rosaceae). PhytoKeys 139: 99-118. (IF: 1.635; IF5-year: 1.667)
20. Liu GN, Liu BB, Wen J, Wang YB*. 2020. The complete chloroplast genome sequence of Magnolia mexicana DC. (Magnoliaceae) from Central America. Mitochondrial DNA Part B 5: 798-799. (IF: 0.658; IF5-year: 0.674)
2019年
21. Liu BB, Hong DY, Zhou SL, Xu C, Dong WP, Johnson G, Wen J*. 2019. Phylogenomic analyses of the Photinia complex support the recognition of a new genus Phippsiomeles and the resurrection of a redefined Stranvaesia in Maleae (Rosaceae). Journal of Systematics and Evolution 57: 678-694. (IF: 2.779; IF5-year: 3.053)
2017年
22. Liu BB, Hong DY*. 2017. A taxonomic revision of four complexes in the genus Pourthiaea (Rosaceae). Magnolia Press, Aucland. 1-75. (学术专著)
2016年
23. Liu BB, Hong DY*. 2016. A taxonomic revision of the Pourthiaea villosa complex (Rosaceae). Phytotaxa 244: 201-247. (IF5-year: 1.098)
24. Liu BB, Hong DY*. 2016. Identity of Pourthiaea podocarpifolia (Rosaceae). Phytotaxa 269: 221-230. (IF5-year: 1.098)
2013年以前
25. 刘彬彬，楼炉焕，刘广宁，张东北，叶青. 2013. 浙江省小叶青冈生长过程的研究. 浙江农林大学学报，30(4): 517-522.
26. 刘彬彬，楼炉焕，刘广宁. 2013. 浙江省壳斗科植物区系特征分析. 浙江农林大学学报，30(5): 698-705.
27. 周吉省，周建康，刘彬彬，楼炉焕. 2013. 浙江龙湾谭国家森林公园种子植物区系分析. 浙江林业科技, 33(3): 67-73.
28. 冷建红，楼炉焕，魏琦，刘彬彬. 2011. 薹草属植物研究进展及园林应用前景研究. 北方园艺. 6: 196-201.
已培养学生
博士生
1. 解思宇 2022- 中国科学院植物研究所与西北农林科技大学 联合培养
硕士生
2. 金则滔 2021-2024 中国科学院植物研究所与南京农业大学 联合培养
3. 王慧 2021-2024 中国科学院植物研究所与浙江农林大学 联合培养
4. 李福星 2021-2024 中国科学院植物研究所与河南科技大学 联合培养
5. 张宇 2021-2024 中国科学院植物研究所与西北农林科技大学 联合培养
6. 马代锟 2022- 中国科学院大学（中国科学院植物研究所）
7. 林晓华 2022- 中国科学院植物研究所与西北农林科技大学 联合培养
8. 嵇煜雯 2022- 中国科学院植物研究所与中国科学院大学（中国科学院华南国家植物园） 联合培养
9. 蒋妍 2022- 中国科学院植物研究所与中国科学院大学（中国科学院华南国家植物园） 联合培养
10. 曹蟒 2022- 中国科学院植物研究所与东北林业大学 联合培养
11. 李小丫 2023- 中国科学院大学（中国科学院植物研究所）
国内国际期刊担任职务
担任iMeta、Biological Diversity以及《生物多样性》(Biodiversity Science)青年编委。
· 担任The Innovation、Molecular Biology and Evolution、New Phytologist、BMC Plant Biology、Molecular Phylogenetics and Evolution、Journal of Systematics and Evolution、Frontiers in Plant Science、Plant Biology、Plant Diversity、PeerJ、Phytokeys、Phytotaxa、MDPI plants、MDPI genes、Botany Letters、forests、The Journal of the Torrey Botanical Society以及《生物多样性》等18个国内国际知名期刊审稿人。
所获荣誉
中国科学院青年创新促进会会员，2023.01-2026.12，80万元，主持
