| 1 大型子囊菌 Ascomycetes | | |
| (1)地舌菌科 Geoglossaceae | | |
| 粘地舌菌 Glutinoglossum glutinosum (Pers.) Hustad, A. N. Mill., Dentinger & P. F. Cannon | VU | B1ab(i, iii, iv)+2ab(ii, iii, iv) |
| 细小地舌菌 Geoglossum pusillum F. L. Tai * | CR | B1ab(iii) |
| 景洪毛舌菌 Trichoglossum cheliense F. L. Tai * | CR | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| 紊乱毛舌菌 Trichoglossum confusum E. J. Durand | EN | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| 昆明毛舌菌 Trichoglossum kunmingense F. L. Tai * | CR | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| 珀松毛舌菌 Trichoglossum persoonii F. L. Tai * | CR | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| 罕见毛舌菌 Trichoglossum rasum Pat. | EN | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| 中国毛舌菌 Trichoglossum sinicum F. L. Tai * | CR | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| 云南毛舌菌 Trichoglossum yunnanense F. L. Tai * | CR | B1ab(i, iii)+2ab(ii, iii) |
| (2)未定科 Incertae sedis | | |
| 云南假地舌菌 Hemiglossum yunnanense Pat. * | PE | |
| (3)羊肚菌科 Morchellaceae | | |
| 西藏羊肚菌 Morchella tibetica M. Zang * | VU | A2acd+3cd |
| (4)线虫草科 Ophiocordycipitaceae | | |
| 老君山线虫草 Ophiocordyceps laojunshanensis J. Y. Chen, Y. Q. Cao & D. R. Yang * | VU | A2acd+3cd |
冬虫夏草 Ophiocordyceps sinensis (Berk.) G. H. Sung, J. M. Sung, Hywel-Jones & Spatafora | VU | A2acd+3cd |
| 广东虫草 Tolypocladium guangdongensis (T. H. Li, Q. Y. Lin & B. Song) V. Papp * | VU | A2ad+3cd |
| (5)火丝菌科 Pyronemataceae | | |
| 美洲粉盘菌 Aleurina americana W. Y. Zhuang & Korf | VU | B1ac(iii, iv) |
| (6)核盘菌科 Sclerotiniaceae | | |
| 桦杯盘菌 Ciboria betulae (Woronin) W. L. White | VU | B1ab(iii) |
| 古巴散胞盘菌 Encoelia cubensis (Berk. & M. A. Curtis) Iturr., Samuels & Korf | VU | B1ab(i, iii, iv)+2ab(ii, iii, iv) |
| (7)竹黄科 Shiraiaceae | | |
| 竹黄 Shiraia bambusicola Henn. | VU | A3cd |
| (8)块菌科 Tuberaceae | | |
| 巨孢奇块菌 Paradoxa gigantospora (Y. Wang & Z. P. Li) Y. Wang * | EN | B1ab(i, iii) |
| 会东块菌 Tuber huidongense Y. Wang * | VU | A2acd+3cd; B1ab(i, iii) |
| 印度块菌 Tuber indicum Cooke & Massee | VU | A2acd+3cd; B1ab(i, iii) |
| 攀枝花块菌 Tuber panzhihuanense X. J. Deng & Y. Wang * | VU | A2acd+3cd; B1ab(i, iii) |
| 中华夏块菌 Tuber sinoaestivum J. P. Zhang & P. G. Liu * | VU | A2acd+3cd; B1ab(i, iii) |
| (9)炭角菌科 Xylariaceae | | |
| 中华肉球菌 Engleromyces sinensis M. A. Whalley, Khalil, T. Z. Wei, Y. J. Yao & Whalley * | VU | A3cd |
| 2 大型担子菌 Basidiomycetes | | |
| (1)蘑菇科 Agaricaceae | | |
| 云南蘑菇 Agaricus yunnanensis W. F. Chiu * | EN | B2ab(iii) |
| 景洪黑蛋巢菌 Cyathus cheliensis F. L. Tai & C. S. Hung * | EN | B2ab(iii) |
| 紊乱黑蛋巢菌 Cyathus confusus F. L. Tai & C. S. Hung * | EN | B2ab(iii) |
| 五台山黑蛋巢菌 Cyathus wutaishanensis B. Liu, Shangguan & P. G. Yuan * | EN | B2ab(iii) |
| 中国白环蘑 Leucoagaricus sinicus (J. Z. Ying) Z. L. Yang * | VU | B1ab(i) |
| 变孢柄灰包 Tulostoma variisporum B. Liu, Z. Y. Li & Du | EN | B1ab(i, iii, iv)+2ab(i, iii, iv) |
| 榆林柄灰包 Tulostoma yulinense B. Liu, Z. Y. Li & Du * | VU | B1ab(i, iii, iv)+2ab(i, iii, iv) |
| (2)鹅膏科 Amanitaceae | | |
| 绒托鹅膏 Amanita tomentosivolva Z. L. Yang * | VU | D2 |
| (3)牛肝菌科 Boletaceae | | |
| 橙香牛肝菌 Boletus citrifragrans W. F. Chiu & M. Zang | VU | A3cd |
| 小橙黄牛肝菌 Boletus miniatoaurantiacus C. S. Bi & Loh | VU | A3cd |
| (4)丽口包科 Calostomataceae | | |
| 彭氏丽口包 Calostoma pengii B. Liu & Y. H. Liu * | EN | B2ab(iii) |
| 变孢丽口包 Calostoma variispora B. Liu, Z. Y. Li & Du * | VU | B2ab(iii) |
| 云南丽口包 Calostoma yunnanense L. J. Li & B. Liu * | VU | B2ab(iii) |
| (5)鸡油菌科 Cantharellaceae | | |
| 云南鸡油菌 Cantharellus yunnanensis W. F. Chiu * | VU | A3cd |
| (6)丝膜菌科 Cortinariaceae | | |
| 疏褶暗金钱菌 Phaeocollybia sparsilamellae P. G. Liu * | EN | B2ab(iii) |
| 云南多舌菌 Pyrrhoglossum yunnanense P. G. Liu * | VU | A3cd |
| (7)花耳科 Dacrymycetaceae | | |
| 湖南胶角耳 Calocera hunanensis B. Liu & K. Tao * | EN | B2ab(iii) |
| 莽山胶角耳 Calocera mangshanensis B. Liu & L. Fan * | VU | B2ab(iii) |
| 羊肚菌状胶角耳 Calocera morchelloides B. Liu & L. Fan * | EN | B2ab(iii) |
| (8)粉褶蕈科 Entolomataceae | | |
| 近杯伞状粉褶蕈 Entoloma subclitocyboides W. M. Zhang * | VU | B2ab(iii) |
| (9)钉菇科 Gomphaceae | | |
| 承德高腹菌 Gautieria chengdensis J. Z. Ying * | VU | B2ab(iii) |
| 短孢枝瑚菌 Ramaria nanispora R. H. Petersen & M. Zang * | VU | A3cd |
| 拟粉红枝瑚菌 Ramaria neoformosa R. H. Petersen | VU | A3cd |
| 朱细枝瑚菌 Ramaria rubriattenuipes R. H. Petersen & M. Zang * | VU | A3cd |
| 红肉丛枝瑚菌 Ramaria rubricarnata Marr & D. E. Stuntz | VU | B2ab(iii) |
| (10)猴头菌科 Hericiaceae | | |
| 小孢软齿菌 Dentipellis microspora Y. C. Dai * | VU | B2ab(iii) |
| 猴头菇 Hericium erinaceus (Bull.) Pers. | VU | A3cd |
| (11)刺革菌科 Hymenochaetaceae | | |
| 斜生纤孔菌 Inonotus obliquus (Fr.) Pilát | EN | B2ab(ii) |
| (12)未定科 Incertae sedis | | |
| 蒙古白丽蘑 Leucocalocybe mongolica (S. Imai) X. D. Yu & Y. J. Yao | VU | C1 |
牛樟芝 Taiwanofungus camphoratus (M. Zang & C. H. Su) S. H. Wu, Z. H. Yu, Y. C. Dai & C. H. Su * | EN | B2ab(iii) |
| (13)丝盖伞科 Inocybaceae | | |
| 新囊靴耳 Crepidotus neocystidiosus P. G. Liu * | EN | B2ab(iii) |
| (14)离褶伞科 Lyophyllaceae | | |
| 斑玉蕈 Hypsizygus marmoreus (Peck) H. E. Bigelow | VU | B2ab(iii) |
| 端圆蚁巢伞 Termitomyces tylerianus Otieno | VU | A3cd |
| (15)小皮伞科 Marasmiaceae | | |
| 麦黄钟伞 Campanella straminea P. G. Liu * | EN | B2ab(iii) |
| (16)白耳科 Naemateliaceae | | |
| 金耳 Naematelia aurantialba (Bandoni & M. Zang) Millanes & Wedin * | VU | A3cd |
| (17)桩菇科 Paxillaceae | | |
| 阳城光黑腹菌 Alpova yangchengensis B. Liu, K. Tao & M. C. Chang * | VU | A3cd |
| (18)鬼笔科 Phallaceae | | |
| 海南笼头菌 Clathrus hainanensis X. L. Wu * | EN | B2ab(iii) |
| (19)原毛平革菌科 Phanerochaetaceae | | |
| 小孔小薄孔菌 Antrodiella micra Y. C. Dai * | VU | B1ab(i, iii, iv)+2ab(i, iii, iv) |
| (20)光柄菇科 Pluteaceae | | |
| 冬小包脚菇 Volvariella brumalis S. C. He * | VU | A3cd |
| (21)红菇科 Russulaceae | | |
| 长白乳菇 Lactarius changbaiensis Y. Wang & Z. X. Xie * | VU | B2ab(iii) |
| 迷你乳菇 Lactarius minimus W. G. Sm. | EN | B2ab(iii) |
| (22)裂孔菌科 Schizoporaceae | | |
| 粉软卧孔菌 Poriodontia subvinosa Parmasto | VU | B2ab(iii) |
| (23)革菌科 Thelephoraceae | | |
| 干巴菌 Thelephora ganbajun M. Zang * | VU | A3cd |
| (24)口蘑科 Tricholomataceae | | |
| 松口蘑 Tricholoma matsutake (S. Ito & S. Imai) Singer | VU | B2ab(ii) |
| 青盖拟口蘑 Tricholomopsis lividipileata P. G. Liu * | VU | B2ab(iii) |
| 3 地衣 Lichens | | |
| (1)粉衣科 Caliciaceae | | |
| 顶杯衣 Acroscyphus sphaerophoroides Lév. | EN | B1ab(iii)+2ab(iii) |
| (2)石蕊科 Cladoniaceae | | |
| 戴氏石蕊 Cladonia delavayi Abbayes | VU | B2ab(ii); D2 |
| 拟雀石蕊 Cladonia pseudoevansii Asahina | CR | B1ab(iii)+2ab(iii) |
| 圆盘衣 Gymnoderma coccocarpum Nyl. | EN | B1ab(iii)+2ab(iii) |
| 岛圆盘衣 Gymnoderma insulare Yoshim. & Sharp | EN | B1ab(iii)+2ab(iii) |
| (3)霜降衣科 Icmadophilaceae | | |
| 卧白角衣 Siphula decumbens Nyl. | VU | B2ab(ii); D2 |
| (4)茶渍科 Lecanoraceae | | |
| 华脐鳞 Rhizoplaca huashanensis J. C. Wei * | CR | A4ac; B1ab(ii, iii)+2ab(ii, iii); D2 |
| (5)梅衣科 Parmeliaceae | | |
| 裂芽厚枝衣 Allocetraria isidiigera Kurok. & M. J. Lai * | VU | B1ab(i) |
| 广开小孢发 Bryoria divergescens (Nyl.) Brodo & D. Hawksw. | VU | B2ab(ii); D2 |
| 藏岛衣 Cetraria xizangensis J. C. Wei & Y. M. Jiang * | VU | B2ab(i) |
| 日光山袋衣 Hypogymnia nikkoensis (Zahlbr.) Rass. | VU | B2ab(ii); D2 |
| 台湾高山袋衣 Hypogymnia taiwanalpina M. J. Lai * | EN | B1ab(iii)+2ab(iii) |
| 金丝绣球 Lethariella cashmeriana Krog | VU | A3d; B2ab(ii, iv); D2 |
| 金丝刷 Lethariella cladonioides (Nyl.) Krog | VU | A3d; B2ab(ii, iv); D2 |
| 曲金丝 Lethariella flexuosa (Nyl.) J. C. Wei | VU | B2ab(ii); D2 |
| 中华金丝 Lethariella sinensis J. C. Wei & Y. M. Jiang * | VU | B2ab(ii); D2 |
| 金丝带 Lethariella zahlbruckneri (Du Rietz) Krog | VU | A4ac; B2ab(ii); D2 |
| 密裂大叶梅 Parmotrema myriolobulatum (J. D. Zhao) J. C. Wei | CR | A4ac; B1ab(ii)+2ab(ii); D2 |
| 绿丝槽枝 Sulcaria virens (Gyeln.) Bystrek ex Brodo & D. Hawksw. | VU | B2ab(ii); D2 |
| (6)蜈蚣衣科 Physciaceae | | |
| 湖北蜈蚣衣 Physcia hupehensis J. D. Zhao, L. W. Hsu & Z. M. Sun * | VU | B2ab(ii); D2 |
| 亚灰大孢衣 Physconia perisidiosa (Erichsen) Moberg | VU | |
| (7)鳞网衣科 Psoraceae | | |
| 朝比氏鳞网衣 Psora asahinae Zahlbr. ex J. C. Wei * | VU | B2ab(ii); D2 |
| (8)地图衣科 Rhizocarpaceae | | |
| 甘肃地图衣 Rhizocarpon kansuense H. Magn. | VU | B2ab(ii); D2 |
| (9)石耳科 Umbilicariaceae | | |
| 阿尔泰石耳 Umbilicaria altaiensis J. C. Wei & Y. M. Jiang * | EN | A4ac; B1ab(ii)+2ab(ii); D2 |
| 庐山石耳 Umbilicaria esculenta (Miyoshi) Minks | VU | A4ad; B2ab(iv); D2 |
| 周裂石耳 Umbilicaria loboperipherica J. C. Wei, Y. M. Jiang & S. Y. Guo * | VU | B2ab(ii) |
| 皮芽石耳 Umbilicaria squamosa J. C. Wei & Y. M. Jiang * | EN | B1ab(ii)+2ab(ii); D2 |
| 太白石耳 Umbilicaria taibaiensis J. C. Wei & Y. M. Jiang * | EN | B1ab(i, ii)+2ab(i, ii); D2 |