基于粪便DNA及宏条形码技术的食肉动物快速调查及食性分析

邵昕宁,宋大昭,黄巧雯,李晟,姚蒙

Fast surveys and molecular diet analysis of carnivores based on fecal DNA and metabarcoding

Shao Xinning,Song Dazhao,Huang Qiaowen,Li Sheng,Yao Meng

表3 7种食肉动物食物分子可操作分类单元(MOTU)分子鉴定结果。最佳匹配物种结果中斜线(/)用于分隔序列一致度相同的物种, 竖线(|)用于分隔一致度相差 ≥ 1%的物种。

Table 3 Summary of prey MOTUs of seven carnivores identified by molecular dietary analysis. Species with the identical sequence identity are separated by “/”, and species with ≥ 1% difference in sequence identity are separated by “|”.

食物 MOTU Food MOTU 在不同食肉动物样品中的出现频次 Occurrence frequency in different carnivore samples GenBank 最佳匹配物种 Best match species in GenBank 拉丁学名 Scientific name MOTU 名称 MOTU name 狼 Wolf 狗 Dog 豹猫 Leopard cat 棕熊 Brown bear 赤狐 Red fox 豹 Leopard 雪豹 Snow leopard 中文名 Chinese name 拉丁名 Scientific name 最高一致度 Best identity (%) 序列号 Accession no. N = 8 N = 6 N = 6 N = 3 N = 3 N = 1 N = 1 偶蹄目 Artiodactyla Bos grunniens 家牦牛 6 4 6 1 0 0 0 家牦牛 Bos grunniens 100 KX232527.1 Elaphodus cephalophus 毛冠鹿 2 2 3 0 0 0 0 毛冠鹿 Elaphodus cephalophus 99 DQ873526.1 Sus scrofa 野猪 2 2 3 0 0 0 0 野猪 Sus scrofa 100 KX886757.1 Pseudois nayaur 岩羊 2 0 0 0 1 0 1 岩羊 Pseudois nayaur 100 KP998469.1 Moschus 麝属 2 0 1 0 0 0 0 马麝/林麝 Moschus chrysogaster/ Moschus berezovskii 100 KP684123.1/ AY184425.1 Przewalskium albirostris 白唇鹿 1 0 0 1 0 0 0 白唇鹿 Przewalskium albirostris 100 JN632690.1 Naemorhedus griseus 中华斑羚 0 0 0 0 0 1 0 中华斑羚 Naemorhedus griseus 100 JN632664.1 奇蹄目 Perissodactyla Equus caballus 马 1 0 0 0 0 0 0 马 Equus caballus 100 KU575247.1 兔形目 Lagomorpha Ochotona curzoniae 高原鼠兔 2 3 5 0 2 0 0 高原鼠兔 Ochotona curzoniae 100 KM225732.1 Lepus oiostolus 高原兔 1 0 6 0 0 0 0 高原兔 Lepus oiostolus 99 AY745187.1 啮齿目 Rodentia Neodon irene 高原松田鼠 4 1 5 0 2 0 0 高原松田鼠 Neodon irene 100 HQ416908.1 Apodemus 姬鼠属 2 0 5 0 0 0 0 大耳姬鼠| 高山姬鼠 Apodemus latronum| Apodemus chevrier 100| 99 HQ333256.1| HQ896683.1 Marmota himalayana 喜马拉雅 旱獭 2 0 0 0 0 0 0 喜马拉雅 旱獭 Marmota himalayana 100 JX069958.1 Niviventer excelsior 川西白腹鼠 0 1 1 0 0 0 0 川西白腹鼠 Niviventer excelsior 99 JQ927552.1 Trogopterus xanthipes 复齿鼯鼠 0 0 1 0 0 0 0 复齿鼯鼠 Trogopterus xanthipes 97 AY227546.1 Petaurista 鼯鼠属 0 0 1 0 0 0 0 红背鼯鼠/ 霜背大鼯鼠| 红白鼯鼠 Petaurista petaurista/ Petaurista philippensis| Petaurista alborufus 98| 97 KP973556.1/ KP973555.1| AY227541.1 Eozapus setchuanus 林跳鼠 0 0 0 0 1 0 0 林跳鼠 Eozapus setchuanus 98 KJ648495.1 食物MOTU Food MOTU 在不同食肉动物样品中的出现频次 Occurrence frequency in different carnivore samples GenBank最佳匹配物种 Best match species in GenBank 拉丁学名 Scientific name MOTU 名称 MOTU name 狼 Wolf 狗 Dog 豹猫 Leopard cat 棕熊 Brown bear 赤狐 Red fox 豹 Leopard 雪豹 Snow leopard 中文名 Chinese name 拉丁名 Scientific name 最高一致度 Best identity (%) 序列号 Accession no. N = 8 N = 6 N = 6 N = 3 N = 3 N = 1 N = 1 食肉目 Carnivora Arctonyx albogularis 猪獾 0 0 0 2 0 0 0 猪獾 Arctonyx albogularis 100 HM106329.1 鼩形目 Soricomorpha Sorex 鼩鼱属 0 0 1 0 0 0 0 纹背鼩鼱/ 小纹背鼩鼱| 长爪鼩鼱/ 普通鼩鼱 Sorex cylindricauda/ Sorex bedfordiae| Sorex unguiculatus/ Sorex araneus 99| 98 KF696672.1/ GU981054.1| KX754508.1/ KT210896.1 鲤形目 Cypriniformes Cyprinidae 鲤科 2 1 0 1 0 0 0 汪氏近红鲌/ 厚颌鲂 Ancherythroculter wangi/ Megalobrama pellegrini 100 MG783573.1/ JX242529.1 鸡形目 Galliformes Crossoptilon crossoptilon 白马鸡 1 1 0 0 1 0 0 白马鸡 Crossoptilon crossoptilon 100 KP259808.1 Gallus gallus 家鸡 1 0 0 0 0 0 0 原鸡 Gallus gallus 100 KX987152.1 Perdix 山鹑属 0 0 0 0 1 0 0 斑翅山鹑/ 高原山鹑/ 灰山鹑 Perdix dauurica/ Perdix hodgsoniae/ Perdix perdix 100 KY411596.1/ KF027440.1/ KF781322.1 雁形目 Anseriformes Anas 鸭属 0 1 0 0 0 0 0 绿头鸭/ 琵嘴鸭/ 绿翅鸭/ 斑嘴鸭/ 针尾鸭 Anas platyrhynchos/ Anas clypeata/ Anas crecca/ Anas poecilorhyncha/ Anas acuta 100 KX592536.1/ KT345702.1/ KC771255.1/ KC466567.1/ KF312717.1 雀形目 Passeriformes Phylloscopus 1 柳莺属1 0 0 1 0 0 0 0 暗绿柳莺| 淡眉柳莺 Phylloscopus trochiloides| Phylloscopus humei 99| 98 KP267717.1| KP267716.1 Phylloscopus 2 柳莺属2 0 1 0 0 0 0 0 褐柳莺/ 黄腰柳莺/ 乌嘴柳莺 Phylloscopus fuscatus/ Phylloscopus proregulus/ Phylloscopus maculipennis 100 JF505332.1/ AY635103.1 /AY635100.1 Muscicapidae 1 鸫科 0 0 1 0 0 0 0 鹊鸲/ 北红尾鸲 Copsychus saularis/ Phoenicurus auroreus 99 KU058637.1/ KF997864.1/ KF997863.1 Passeriformes 雀形目 0 0 1 0 0 0 0 家燕/ 红喉歌鸲 Hirundo rustica/ Luscinia calliope 96 KX398931.1/ HQ690246.1