DNA条形码参考数据集构建和序列分析相关的新兴技术

刘山林

DNA barcoding and emerging reference construction and data analysis technologies

Liu Shanlin

表1 广泛用于DNA条形码技术的标记基因

Table 1 Marker genes widely used for barcoding

标记基因 Marker gene 目标物种 Targeted group 数据库 Database 16S 细菌和古细菌 Bacteria and archea (Sogin et al, 2006) 核糖体数据库项目 Ribosomal Database Project (RDP, Cole et al, 2008); Greengenes (DeSantis et al, 2006); SILVA (Pruesse et al, 2007) ITS 真菌(Schoch et al, 2012)、植物(Group et al, 2011)、原生生物(Pawlowski et al, 2012) Fungi (Schoch et al, 2012); plant (Group et al, 2011); protist (Pawlowski et al, 2012) UNITE (K?ljalg et al, 2005); GenBank (Benson et al, 2012) 18S 原生生物 Protist (Pawlowski et al, 2012) SILVA (Pruesse et al, 2007) matK + rbcL 植物 Plant (Hollingsworth et al, 2009) 生命条形码数据库 Barcode of Life Data Systems (BOLD, Ratnasingham & Hebert, 2007); GenBank (Benson et al, 2012) COI 动物群(Hebert et al, 2003)、原生生物(Pawlowski et al, 2012) Fauna (Hebert et al, 2003) and protist (Pawlowski et al, 2012) 核糖体数据库项目 Ribosomal Database Project (RDP, Cole et al, 2008)