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利用线粒体COI基因揭示中国乌骨鸡遗传多样性和群体遗传结构
翁茁先, 黄佳琼, 张仕豪, 余锴纯, 钟福生, 黄勋和, 张彬
生物多样性    2019, 27 (6): 667-676.   DOI: 10.17520/biods.2019013
摘要   (336 HTML2 PDF(pc) (1441KB)(48)  

全面了解中国乌骨鸡的遗传背景有利于保护和开发利用其种质资源。本研究测定了中国12个乌骨鸡品种线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (cytochrome c oxidase subunit I, COI)基因, 比较分析其遗传多样性和群体遗传结构。255份乌骨鸡样品共检测到22个变异位点, 占分析位点的3.17%; 核苷酸多样性为0.00142-0.00339, 单倍型多样性为0.380-0.757, 其中略阳乌鸡核苷酸多样性最高, 德化黑鸡最低。检测到7个氨基酸变异位点, 来自6个品种共11个个体。定义了24种单倍型, 其中单倍型H1和H3为12个乌骨鸡品种共享, 出现频率分别为115次和64次; 盐津乌骨鸡单倍型数最多, 广西乌鸡最少。中性检验与错配分析显示实验种群未经历显著的群体扩张事件。分子变异分析显示81.06%的变异来自群体内; 品种间遗传距离为0.002-0.004, 品种间遗传分化系数Fst值为-0.035至0.594, 雪峰乌骨鸡与其他种群间的遗传分化程度最高。邻接树显示, 乌骨鸡未能独立形成分支, 不能从家鸡和红原鸡中有效区分开来。中国乌骨鸡中介网络图将24个单倍型分为3条进化主支, 呈现出一定的品种特异性, 由无量山乌骨鸡、云南盐津乌骨鸡和雪峰乌骨鸡组成单倍型H8、H9、H11、H12游离于这3条进化主支之外。增加其他家鸡和红原鸡COI基因的中介网络图主体结构与中国乌骨鸡的相同。结果表明中国乌骨鸡品种遗传多样性较低, 但品种间遗传分化显著, 可能是从当地家鸡中选育而来, 需要加强种质资源的保护。


Breed LY WLS YJ ZX XF JS SK YG HY DH JH GX
LY 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003
WLS 0.116* 0.003 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003
YJ 0.189* 0.017 0.004 0.004 0.004 0.003 0.004 0.004 0.003 0.003 0.004
ZX -0.018 0.134* 0.207* 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003
XF 0.231* 0.427* 0.433* 0.248* 0.004 0.004 0.003 0.004 0.004 0.003 0.002
JS 0.004 0.121* 0.196* -0.014 0.341* 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003
SK 0.178* 0.192* 0.269* 0.134* 0.594* 0.074* 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003
YG -0.035 0.170* 0.234* -0.011 0.158* 0.032 0.250* 0.003 0.002 0.003 0.002
HY 0.165* 0.204* 0.261* 0.120* 0.535* 0.051 0.079* 0.223* 0.002 0.002 0.004
DH 0.117 0.160* 0.243* 0.072 0.551* 0.011 -0.012 0.182* 0.044 0.002 0.003
JH 0.013 0.121* 0.206* -0.001 0.403* -0.033 0.445 0.546 0.067 -0.011 0.003
GX 0.054 0.305* 0.343* 0.089* 0.029 0.173* 0.441* -0.002 0.393* 0.383* 0.220*
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表7 12个乌骨鸡品种间Kiumura遗传双参数距离(上三角)和遗传分化系数(Fst) (下三角)。品种代号同表1
正文中引用本图/表的段落
K2P距离显示12种乌骨鸡品种间的遗传距离为0.002-0.004, 盐津乌骨鸡与其余11种地方鸡种的遗传距离较远(表7)。品种间遗传分化系数(Fst)为-0.035至0.594, 雪峰乌骨鸡与其他品种的遗传分化程度最高, 除广西乌鸡外, 与其他品种的遗传分化系数均达到显著水平(P < 0.05); 盐津乌骨鸡和无量山乌骨鸡未显著分化, 与其他品种的遗传分化系数都达到显著水平(P < 0.05) (表7)。
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