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利用线粒体COI基因揭示中国乌骨鸡遗传多样性和群体遗传结构
翁茁先, 黄佳琼, 张仕豪, 余锴纯, 钟福生, 黄勋和, 张彬
生物多样性    2019, 27 (6): 667-676.   DOI: 10.17520/biods.2019013
摘要   (336 HTML2 PDF(pc) (1441KB)(48)  

全面了解中国乌骨鸡的遗传背景有利于保护和开发利用其种质资源。本研究测定了中国12个乌骨鸡品种线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (cytochrome c oxidase subunit I, COI)基因, 比较分析其遗传多样性和群体遗传结构。255份乌骨鸡样品共检测到22个变异位点, 占分析位点的3.17%; 核苷酸多样性为0.00142-0.00339, 单倍型多样性为0.380-0.757, 其中略阳乌鸡核苷酸多样性最高, 德化黑鸡最低。检测到7个氨基酸变异位点, 来自6个品种共11个个体。定义了24种单倍型, 其中单倍型H1和H3为12个乌骨鸡品种共享, 出现频率分别为115次和64次; 盐津乌骨鸡单倍型数最多, 广西乌鸡最少。中性检验与错配分析显示实验种群未经历显著的群体扩张事件。分子变异分析显示81.06%的变异来自群体内; 品种间遗传距离为0.002-0.004, 品种间遗传分化系数Fst值为-0.035至0.594, 雪峰乌骨鸡与其他种群间的遗传分化程度最高。邻接树显示, 乌骨鸡未能独立形成分支, 不能从家鸡和红原鸡中有效区分开来。中国乌骨鸡中介网络图将24个单倍型分为3条进化主支, 呈现出一定的品种特异性, 由无量山乌骨鸡、云南盐津乌骨鸡和雪峰乌骨鸡组成单倍型H8、H9、H11、H12游离于这3条进化主支之外。增加其他家鸡和红原鸡COI基因的中介网络图主体结构与中国乌骨鸡的相同。结果表明中国乌骨鸡品种遗传多样性较低, 但品种间遗传分化显著, 可能是从当地家鸡中选育而来, 需要加强种质资源的保护。


品种名
Breed
Tajima’s D Fu’s Fs
D P Fs P
略阳乌鸡 LY 0.45768 0.70000 0.96375 0.68900
无量山乌骨鸡 WLS 0.12109 0.56400 0.49464 0.62700
盐津乌骨鸡 YJ -0.79944 0.25300 -1.69126 0.17200
竹乡鸡 ZX 0.99606 0.85100 -0.31381 0.45400
雪峰乌骨鸡 XF -0.76698 0.25300 0.57269 0.65900
江山乌骨鸡 JS 0.01119 0.54100 -0.25147 0.44900
丝羽乌骨鸡 SK -1.43529 0.07300 -1.92588 0.07000
余干乌骨鸡 YG 0.76262 0.79100 0.24173 0.59100
黄羽黑鸡 HY 0.15067 0.60000 0.87825 0.69200
德化黑鸡 DH -0.28222 0.43600 1.28651 0.75700
金湖乌凤鸡 JH 0.31722 0.67500 1.19223 0.77300
广西乌鸡 GX 1.81444 0.97700 3.86919 0.94800
平均 Average 0.11225 0.55950 0.44305 0.57342
方差 Squared deviation 0.87539 0.26761 1.50012 0.25155
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表5 12个乌骨鸡品种的COI序列中性检验。品种代号同表1
正文中引用本图/表的段落
Tajima’s D、Fu’s Fs平均值分别为0.11225、0.44305, 均未达到显著水平, 表明这12个乌骨鸡群体未偏离中性选择, 未经历种群快速扩张(表5)。核苷酸错配分布图不符合种群扩张的单峰曲线模式,与中性检测结果相吻合(图1)。
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