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利用线粒体COI基因揭示中国乌骨鸡遗传多样性和群体遗传结构
翁茁先, 黄佳琼, 张仕豪, 余锴纯, 钟福生, 黄勋和, 张彬
生物多样性    2019, 27 (6): 667-676.   DOI: 10.17520/biods.2019013
摘要   (333 HTML2 PDF(pc) (1441KB)(48)  

全面了解中国乌骨鸡的遗传背景有利于保护和开发利用其种质资源。本研究测定了中国12个乌骨鸡品种线粒体细胞色素c氧化酶亚基I (cytochrome c oxidase subunit I, COI)基因, 比较分析其遗传多样性和群体遗传结构。255份乌骨鸡样品共检测到22个变异位点, 占分析位点的3.17%; 核苷酸多样性为0.00142-0.00339, 单倍型多样性为0.380-0.757, 其中略阳乌鸡核苷酸多样性最高, 德化黑鸡最低。检测到7个氨基酸变异位点, 来自6个品种共11个个体。定义了24种单倍型, 其中单倍型H1和H3为12个乌骨鸡品种共享, 出现频率分别为115次和64次; 盐津乌骨鸡单倍型数最多, 广西乌鸡最少。中性检验与错配分析显示实验种群未经历显著的群体扩张事件。分子变异分析显示81.06%的变异来自群体内; 品种间遗传距离为0.002-0.004, 品种间遗传分化系数Fst值为-0.035至0.594, 雪峰乌骨鸡与其他种群间的遗传分化程度最高。邻接树显示, 乌骨鸡未能独立形成分支, 不能从家鸡和红原鸡中有效区分开来。中国乌骨鸡中介网络图将24个单倍型分为3条进化主支, 呈现出一定的品种特异性, 由无量山乌骨鸡、云南盐津乌骨鸡和雪峰乌骨鸡组成单倍型H8、H9、H11、H12游离于这3条进化主支之外。增加其他家鸡和红原鸡COI基因的中介网络图主体结构与中国乌骨鸡的相同。结果表明中国乌骨鸡品种遗传多样性较低, 但品种间遗传分化显著, 可能是从当地家鸡中选育而来, 需要加强种质资源的保护。


代号 Code 品种名 Breed 产地 Origin 样本量 Sample size
LY 略阳乌鸡 Lueyang chicken 陕西省略阳县 Lueyang, Shaanxi 10
WLS 无量山乌骨鸡 Wuliangshan black-bone chicken 云南省南涧县 Nanjian, Yunnan 25
YJ 盐津乌骨鸡 Yanjin black-bone chicken 云南省盐津县 Yanjin, Yunnan 24
ZX 竹乡鸡 Zhuxiang chicken 贵州省赤水市 Chishui, Guizhou 32
XF 雪峰乌骨鸡 Xuefeng black-bone chicken 湖南省洪江市 Hongjiang, Hunan 19
JS 江山乌骨鸡 Jiangshan black-bone chicken 浙江省江山市 Jiangshan, Zhejiang 21
SK 丝羽乌骨鸡 Silkies 江西省泰和县 Taihe, Jiangxi 25
YG 余干乌骨鸡 Yugan black-bone chicken 江西省余干县 Yugan, Jiangxi 18
HY 黄羽黑鸡 Huangyu black chicken 江西省宜春市 Yichun, Jiangxi 18
DH 德化黑鸡 Dehua black chicken 福建省德化县 Dehua, Fujian 22
JH 金湖乌凤鸡 Jinhu black-bone chicken 福建省泰宁县 Taining, Fujian 24
GX 广西乌鸡 Guangxi black-bone chicken 广西东兰县 Donglan, Guangxi 17
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表1 本研究样品信息
正文中引用本图/表的段落
以中国12个乌骨鸡品种共255个个体为实验材料(表1)。除黄羽黑鸡未进行资源鉴定外, 其他品种均为《中国畜禽遗传资源志(家禽志)》(国家畜禽遗传资源委员会, 2011)中记载的品种。实验样品均采自原产地或保种场, 翅下静脉取血。使用试剂盒Hi Pure Blood/Tissue DNA Mini Kit (广州美基生物科技有限公司)提取样品基因组DNA, -20℃保存备用。
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